Run ID: ERR4814573
Sample name:
Date: 01-04-2023 13:22:30
Number of reads: 3414487
Percentage reads mapped: 74.99
Strain: lineage1.1.3.2
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage1 | Indo-Oceanic | EAI | RD239 | 0.98 |
lineage1.1 | Indo-Oceanic | EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 | RD239 | 0.99 |
lineage1.1.3 | Indo-Oceanic | EAI6 | RD239 | 0.99 |
lineage1.1.3.2 | Indo-Oceanic | NA | RD239 | 0.99 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrB | 6112 | p.Met291Ile | missense_variant | 0.98 |
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 8188 | p.Leu296Pro | missense_variant | 0.95 |
gyrA | 8452 | p.Ala384Val | missense_variant | 0.96 |
gyrA | 8966 | c.1665C>G | synonymous_variant | 0.12 |
gyrA | 8967 | p.Ala556Arg | missense_variant | 0.12 |
gyrA | 9143 | c.1842T>C | synonymous_variant | 0.96 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491742 | c.960T>C | synonymous_variant | 0.98 |
ccsA | 619695 | c.-196G>A | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoC | 763031 | c.-339T>C | upstream_gene_variant | 0.96 |
rpoC | 763070 | c.-300T>C | upstream_gene_variant | 0.12 |
rpoC | 763085 | c.-285C>G | upstream_gene_variant | 0.12 |
rpoC | 763884 | p.Ala172Val | missense_variant | 0.89 |
rpoC | 763886 | c.517C>A | synonymous_variant | 0.91 |
rpoC | 765171 | p.Pro601Leu | missense_variant | 0.97 |
rpoC | 765230 | p.Ala621Thr | missense_variant | 0.98 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 776100 | p.Thr794Ile | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 779397 | c.-917C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rplC | 801166 | p.Gly120Ser | missense_variant | 0.93 |
fbiC | 1304853 | c.1923C>G | synonymous_variant | 0.25 |
fbiC | 1304856 | c.1926C>G | synonymous_variant | 0.25 |
embR | 1417019 | p.Cys110Tyr | missense_variant | 0.98 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471934 | n.89A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1471969 | n.124T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1471970 | n.125G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472034 | n.189T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472075 | n.230A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472138 | n.293C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472147 | n.302G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1472153 | n.308G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1472164 | n.319G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrs | 1472177 | n.332C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrs | 1472240 | n.395G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.89 |
rrs | 1472242 | n.397C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.88 |
rrs | 1472251 | n.406G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrs | 1472252 | n.407G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrs | 1472253 | n.408G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrs | 1472256 | n.411T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.86 |
rrs | 1472259 | n.414C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.86 |
rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472537 | n.692C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472541 | n.696T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472543 | n.700A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472553 | n.708C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1472557 | n.712G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472566 | n.721G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472570 | n.725G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.77 |
rrs | 1472572 | n.727T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrs | 1472573 | n.728C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472574 | n.729T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrs | 1472579 | n.734G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrs | 1472580 | n.735C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrs | 1472582 | n.737G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472583 | n.738T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472584 | n.739A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrs | 1472594 | n.749G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrs | 1472596 | n.751G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472598 | n.753A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.63 |
rrs | 1472599 | n.754G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrs | 1472697 | n.852T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472707 | n.862A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.52 |
rrs | 1472713 | n.868T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472715 | n.870C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.61 |
rrs | 1472716 | n.871C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrs | 1472716 | n.871C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.91 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.99 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472754 | n.909G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.68 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.89 |
rrs | 1472793 | n.948A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrs | 1472803 | n.958T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 |
rrs | 1472824 | n.979T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrs | 1472827 | n.982G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrs | 1472828 | n.983T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrs | 1472836 | n.991G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472887 | n.1042G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 |
rrs | 1472912 | n.1067C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472917 | n.1072G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrs | 1472936 | n.1091C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472953 | n.1108G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472958 | n.1113A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 |
rrs | 1472959 | n.1114T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrs | 1472963 | n.1118G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472969 | n.1124A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472970 | n.1125C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472977 | n.1132G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472978 | n.1133T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472982 | n.1137G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1472987 | n.1142G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472988 | n.1143T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472989 | n.1144G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473002 | n.1157G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473004 | n.1159T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473008 | n.1163C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473009 | n.1164T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473053 | n.1208T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473139 | n.1294T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473145 | n.1300C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473148 | n.1303G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473163 | n.1318C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1473177 | n.1332G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1473191 | n.1346C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1473192 | n.1347A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1473198 | n.1354delC | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrs | 1473202 | n.1357C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1473205 | n.1360T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1473206 | n.1361G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1473352 | n.1507C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1473839 | n.182G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1473877 | n.220G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1473898 | n.241C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1473899 | n.242A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1474013 | n.356A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474639 | n.982G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474956 | n.1299C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1474959 | n.1302C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1474962 | n.1306delG | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1474970 | n.1313G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1474991 | n.1334T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrl | 1475006 | n.1349A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrl | 1475061 | n.1404C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475199 | n.1542G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1475206 | n.1549C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1475209 | n.1552G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1475213 | n.1556C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1475249 | n.1592T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrl | 1475252 | n.1595C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrl | 1475266 | n.1609T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475271 | n.1614A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475273 | n.1616T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475275 | n.1618C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475276 | n.1619T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475291 | n.1634A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475763 | n.2106C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1475881 | n.2224T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1476358 | n.2701T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.64 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrl | 1476429 | n.2772A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrl | 1476583 | n.2926G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1476584 | n.2927C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1476594 | n.2937C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476597 | n.2940G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1476603 | n.2946G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476608 | n.2951C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476628 | n.2971T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
inhA | 1674507 | c.306G>C | synonymous_variant | 0.14 |
inhA | 1674537 | c.336C>G | synonymous_variant | 0.14 |
inhA | 1674542 | p.Ala114Glu | missense_variant | 0.15 |
inhA | 1674561 | c.360C>T | synonymous_variant | 0.11 |
inhA | 1674883 | p.Ile228Val | missense_variant | 1.0 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
katG | 2154724 | p.Arg463Leu | missense_variant | 0.98 |
PPE35 | 2167926 | p.Leu896Ser | missense_variant | 1.0 |
PPE35 | 2167983 | p.Gly877Asp | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2222308 | p.Asp286Gly | missense_variant | 0.93 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
kasA | 2518132 | c.18C>T | synonymous_variant | 1.0 |
ahpC | 2726051 | c.-142G>A | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv2752c | 3064632 | c.1560C>T | synonymous_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 0.98 |
Rv3083 | 3448714 | p.Asp71His | missense_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3474597 | c.591C>A | synonymous_variant | 1.0 |
fprA | 3475159 | p.Asn385Asp | missense_variant | 0.98 |
Rv3236c | 3612621 | c.496T>C | synonymous_variant | 1.0 |
fbiB | 3642173 | c.639G>A | synonymous_variant | 0.99 |
rpoA | 3878687 | c.-180A>C | upstream_gene_variant | 0.95 |
clpC1 | 4039979 | c.726C>G | synonymous_variant | 0.11 |
clpC1 | 4040021 | c.684A>C | synonymous_variant | 0.11 |
clpC1 | 4040517 | p.Val63Ala | missense_variant | 0.98 |
embC | 4240671 | p.Thr270Ile | missense_variant | 1.0 |
embC | 4241042 | p.Asn394Asp | missense_variant | 0.98 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4243848 | p.Val206Met | missense_variant | 0.99 |
embA | 4245969 | p.Pro913Ser | missense_variant | 0.97 |
embB | 4247646 | p.Glu378Ala | missense_variant | 1.0 |
ubiA | 4269387 | p.Glu149Asp | missense_variant | 1.0 |
aftB | 4269606 | c.-770T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338603 | c.-82C>T | upstream_gene_variant | 0.98 |
gid | 4407588 | c.615A>G | synonymous_variant | 0.96 |
gid | 4407780 | c.423G>A | synonymous_variant | 0.99 |
gid | 4407873 | c.330G>T | synonymous_variant | 1.0 |
gid | 4408130 | p.Ala25Pro | missense_variant | 0.97 |