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Run: ERR4814573
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Run ID: ERR4814573

Sample name:

Date: 01-04-2023 13:22:30

Number of reads: 3414487

Percentage reads mapped: 74.99

Strain: lineage1.1.3.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 0.98
lineage1.1 Indo-Oceanic EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 RD239 0.99
lineage1.1.3 Indo-Oceanic EAI6 RD239 0.99
lineage1.1.3.2 Indo-Oceanic NA RD239 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472307 n.462C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 0.98
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8188 p.Leu296Pro missense_variant 0.95
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 0.96
gyrA 8966 c.1665C>G synonymous_variant 0.12
gyrA 8967 p.Ala556Arg missense_variant 0.12
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 0.96
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 0.98
ccsA 619695 c.-196G>A upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.96
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763085 c.-285C>G upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 0.89
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 0.91
rpoC 765171 p.Pro601Leu missense_variant 0.97
rpoC 765230 p.Ala621Thr missense_variant 0.98
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 779397 c.-917C>T upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 801166 p.Gly120Ser missense_variant 0.93
fbiC 1304853 c.1923C>G synonymous_variant 0.25
fbiC 1304856 c.1926C>G synonymous_variant 0.25
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 0.98
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1471969 n.124T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1471970 n.125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472034 n.189T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472138 n.293C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472147 n.302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472153 n.308G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472164 n.319G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472251 n.406G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472252 n.407G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472256 n.411T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472543 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472553 n.708C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472572 n.727T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472574 n.729T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472579 n.734G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472582 n.737G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472583 n.738T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472584 n.739A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472594 n.749G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472596 n.751G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472598 n.753A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472697 n.852T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472707 n.862A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472715 n.870C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472716 n.871C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472754 n.909G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472887 n.1042G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472912 n.1067C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472917 n.1072G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472936 n.1091C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472963 n.1118G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472969 n.1124A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472970 n.1125C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472977 n.1132G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472978 n.1133T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473053 n.1208T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473139 n.1294T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473191 n.1346C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473198 n.1354delC non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473206 n.1361G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1473839 n.182G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473877 n.220G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473898 n.241C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473899 n.242A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474013 n.356A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474639 n.982G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474956 n.1299C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474959 n.1302C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474962 n.1306delG non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474970 n.1313G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474991 n.1334T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475006 n.1349A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475061 n.1404C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475199 n.1542G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475206 n.1549C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475209 n.1552G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475213 n.1556C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475249 n.1592T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475252 n.1595C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475266 n.1609T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475271 n.1614A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475273 n.1616T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475275 n.1618C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475276 n.1619T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475291 n.1634A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476583 n.2926G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476597 n.2940G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476608 n.2951C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
inhA 1674507 c.306G>C synonymous_variant 0.14
inhA 1674537 c.336C>G synonymous_variant 0.14
inhA 1674542 p.Ala114Glu missense_variant 0.15
inhA 1674561 c.360C>T synonymous_variant 0.11
inhA 1674883 p.Ile228Val missense_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 0.98
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2167983 p.Gly877Asp missense_variant 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 0.93
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
ahpC 2726051 c.-142G>A upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3064632 c.1560C>T synonymous_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 0.98
Rv3083 3448714 p.Asp71His missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474597 c.591C>A synonymous_variant 1.0
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 0.98
Rv3236c 3612621 c.496T>C synonymous_variant 1.0
fbiB 3642173 c.639G>A synonymous_variant 0.99
rpoA 3878687 c.-180A>C upstream_gene_variant 0.95
clpC1 4039979 c.726C>G synonymous_variant 0.11
clpC1 4040021 c.684A>C synonymous_variant 0.11
clpC1 4040517 p.Val63Ala missense_variant 0.98
embC 4240671 p.Thr270Ile missense_variant 1.0
embC 4241042 p.Asn394Asp missense_variant 0.98
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243848 p.Val206Met missense_variant 0.99
embA 4245969 p.Pro913Ser missense_variant 0.97
embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 1.0
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 1.0
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338603 c.-82C>T upstream_gene_variant 0.98
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 0.96
gid 4407780 c.423G>A synonymous_variant 0.99
gid 4407873 c.330G>T synonymous_variant 1.0
gid 4408130 p.Ala25Pro missense_variant 0.97