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Run: ERR4815923
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Run ID: ERR4815923

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:08:29

Number of reads: 1484777

Percentage reads mapped: 90.5

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
ccsA 620748 c.858T>G synonymous_variant 0.29
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764678 p.Lys437Gln missense_variant 0.11
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.11
rpoC 764713 c.1344G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764731 c.1362G>C synonymous_variant 0.1
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474963 n.1306G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rpsA 1834327 c.786G>T synonymous_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2170147 p.Ser156Ala missense_variant 0.17
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448497 c.-7T>A upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338706 c.-185C>T upstream_gene_variant 1.0
gid 4407606 c.597C>G synonymous_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0