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Run: ERR4817055
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Run ID: ERR4817055

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:46:50

Number of reads: 3355830

Percentage reads mapped: 89.62

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.14
rpoC 762911 c.-459C>T upstream_gene_variant 0.14
rpoC 762917 c.-453C>T upstream_gene_variant 0.15
rpoC 762920 c.-450C>T upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.16
rpoC 762944 c.-426C>T upstream_gene_variant 0.15
rpoC 762956 c.-414G>C upstream_gene_variant 0.11
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474275 n.618T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474712 n.1055G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474715 n.1060_1061delAA non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474777 n.1120T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474783 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474852 n.1195T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474896 n.1239A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475172 n.1515A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475518 n.1861A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475521 n.1864T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475526 n.1869C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475529 n.1872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475532 n.1875A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475538 n.1881T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475544 n.1887A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475548 n.1891C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475549 n.1892T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475616 n.1959A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
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rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475762 n.2105G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
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rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
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rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
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rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476600 n.2943A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0