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Run: ERR4819191
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Run ID: ERR4819191

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Date: 01-04-2023 15:58:35

Number of reads: 3431006

Percentage reads mapped: 94.51

Strain: lineage4.6.2.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.6 Euro-American T;LAM None 1.0
lineage4.6.2 Euro-American T;LAM RD726 1.0
lineage4.6.2.2 Euro-American (Cameroon) LAM10-CAM RD726 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 0.98
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpR5 778298 c.-692C>T upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472840 n.995A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473289 n.1444_1445insTTTTG non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1473883 n.226A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
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rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
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rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474917 n.1260G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1475526 n.1869C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1475529 n.1872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1475532 n.1875A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1475538 n.1881T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
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rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
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rrl 1476113 n.2456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
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rrl 1476194 n.2537A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
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tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
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