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Run: ERR4819192
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Run ID: ERR4819192

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:58:33

Number of reads: 1978340

Percentage reads mapped: 68.39

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8398 p.Val366Gly missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 778092 c.388delT frameshift_variant 1.0
mmpR5 779113 p.Trp42Arg missense_variant 0.1
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781751 c.192G>C synonymous_variant 0.11
rpsL 781760 c.201T>C synonymous_variant 0.15
rpsL 781766 c.207C>T synonymous_variant 0.16
rpsL 781772 c.213C>T synonymous_variant 0.14
rpsL 781796 p.Met79Ile missense_variant 0.17
rpsL 781802 c.243G>C synonymous_variant 0.2
rpsL 781805 c.246G>T synonymous_variant 0.14
rpsL 781811 c.252C>T synonymous_variant 0.21
rpsL 781814 c.255C>T synonymous_variant 0.2
rpsL 781817 c.258G>T synonymous_variant 0.19
rpsL 781829 c.270G>C synonymous_variant 0.11
rpsL 781832 c.273T>C synonymous_variant 0.15
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472840 n.995A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472892 n.1047T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474163 n.506C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474282 n.625G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474287 n.630T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474291 n.635_649delTTCCTCTCCGGAGGA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474308 n.651G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474315 n.658A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475137 n.1480A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475175 n.1518G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475188 n.1531C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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