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Run: ERR4820318
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Run ID: ERR4820318

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:36:54

Number of reads: 1633378

Percentage reads mapped: 86.64

Strain: lineage4.2.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.2 Euro-American H;T;LAM None 0.99
lineage4.2.2 Euro-American (Ural) T;LAM7-TUR None 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491469 c.687C>A synonymous_variant 0.11
mshA 576077 c.730C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 761096 c.1290G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761102 c.1296A>G synonymous_variant 0.28
rpoB 761124 c.1318C>T synonymous_variant 0.17
rpoB 761127 p.Ser441Glu missense_variant 0.28
rpoB 761132 c.1326G>C synonymous_variant 0.28
rpoB 761133 c.1327T>C synonymous_variant 0.28
rpoB 761150 c.1344A>T synonymous_variant 0.16
rpoB 761154 p.Ser450Thr missense_variant 0.11
rpoB 761159 c.1353G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 761165 c.1359G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 767074 c.3705T>C synonymous_variant 0.1
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777136 p.Met449Val missense_variant 0.12
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472274 n.429A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
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rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
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rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
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rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
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rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
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rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
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rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
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rrl 1476633 n.2976A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
fabG1 1673557 p.His40Asn missense_variant 0.1
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ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
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