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Run: ERR4821796
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Run ID: ERR4821796

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:27:32

Number of reads: 1583388

Percentage reads mapped: 77.62

Strain: lineage4.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 761096 c.1290G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761102 c.1296A>G synonymous_variant 0.12
rpoC 762926 c.-444C>G upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762971 c.-399G>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763127 c.-243G>C upstream_gene_variant 0.11
rpoC 763531 c.162G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763534 c.165T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764605 c.1236G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764620 c.1251G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764623 c.1254C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764644 c.1275G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 775682 c.2799C>G synonymous_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
atpE 1460912 c.-133C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472274 n.429A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473284 n.1439A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1473782 n.125A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1473783 n.126A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1473788 n.131A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1473797 n.140G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1473806 n.149C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1473807 n.150T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1473811 n.154C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1473832 n.175C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1473836 n.179A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1473839 n.182G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1473840 n.183A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
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rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
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rrl 1475062 n.1405A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1475754 n.2097G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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rrl 1476033 n.2376T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476035 n.2378G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476044 n.2387T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476046 n.2389G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476058 n.2401T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476059 n.2402G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476113 n.2456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
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