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Run: ERR779661
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Run ID: ERR779661

Sample name:

Date: 02-04-2023 05:50:59

Number of reads: 2670308

Percentage reads mapped: 97.43

Strain: lineage4.3.4.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 1.0
lineage4.3.4.2 Euro-American (LAM) LAM1;LAM4;LAM11 RD174 1.0
lineage4.3.4.2.1 Euro-American (LAM) LAM11 RD174 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6140 p.Val301Leu missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491027 p.Asn82Thr missense_variant 0.17
rpoB 759620 c.-187A>C upstream_gene_variant 0.26
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473097 n.1252G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473115 n.1270G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475707 n.2050T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475843 n.2186G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475849 n.2192G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475853 n.2196C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2169320 p.Leu431Phe missense_variant 0.26
PPE35 2169866 c.747G>C synonymous_variant 0.36
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
thyA 3073806 c.666C>G synonymous_variant 0.27
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 0.98
Rv3236c 3612009 p.Ala370Thr missense_variant 1.0
alr 3840719 c.702A>G synonymous_variant 1.0
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
clpC1 4038857 c.1848C>A synonymous_variant 0.16
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242822 p.Val987Gly missense_variant 0.22
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0