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Run: SRR11349172
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Run ID: SRR11349172

Sample name:

Date: 02-04-2023 20:53:56

Number of reads: 4454892

Percentage reads mapped: 92.55

Strain: lineage4.3.2.1

Drug-resistance: RR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.2 Euro-American (LAM) LAM3 None 1.0
lineage4.3.2.1 Euro-American (LAM) LAM3 RD761 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761108 p.Met434Ile missense_variant 1.0 rifampicin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5520 p.Pro94Leu missense_variant 1.0
gyrA 7222 c.-80C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.32
mshA 576482 p.Val379Leu missense_variant 0.14
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472337 n.492C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473038 n.1193A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474272 n.615C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474308 n.651G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474356 n.699T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474359 n.702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474363 n.706A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474365 n.708G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474384 n.727C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrl 1474934 n.1277C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475672 n.2015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
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rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
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rrl 1475754 n.2097G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476356 n.2699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476359 n.2702C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476381 n.2724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476384 n.2727G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476411 n.2754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476463 n.2806C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pepQ 2860159 p.Ala87Gly missense_variant 0.14
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiD 3339734 p.Ala206Gly missense_variant 0.24
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
alr 3841612 c.-193_-192insC upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4246584 p.Arg24Pro missense_variant 0.2
whiB6 4338236 p.Arg96Gly missense_variant 0.1
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407582 c.621T>C synonymous_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0