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Run: SRR21240161
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Run ID: SRR21240161

Sample name:

Date: 04-04-2023 00:10:42

Number of reads: 1980736

Percentage reads mapped: 82.15

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6438 p.Pro400Arg missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.29
mshA 576482 p.Val379Leu missense_variant 0.18
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 763621 c.252C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764548 c.1179G>T synonymous_variant 0.14
rpoC 764563 c.1194G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764566 c.1197C>G synonymous_variant 0.13
rpoC 764572 c.1203G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764575 c.1206T>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764576 c.1207_1208delTCinsAG synonymous_variant 0.12
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764611 c.1242G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406379 p.Val321Gly missense_variant 0.17
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472297 n.453_465delGTCCGGGTTCTCT non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472315 n.470T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472582 n.737G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472583 n.738T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473062 n.1217T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473065 n.1220C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473266 n.1421A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473291 n.1446_1447insT non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473310 n.1465T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474584 n.927C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474651 n.995delT non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474709 n.1053_1056delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474740 n.1083G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474747 n.1090C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475116 n.1459G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
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rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476528 n.2871A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476594 n.2937C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476603 n.2946G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476608 n.2951C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rpsA 1833721 c.180A>G synonymous_variant 0.12
rpsA 1833727 c.186G>C synonymous_variant 0.12
rpsA 1833736 c.195C>G synonymous_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiD 3339734 p.Ala206Gly missense_variant 0.22
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
rpoA 3878613 c.-106A>C upstream_gene_variant 0.25
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embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embB 4246584 p.Arg24Pro missense_variant 0.25
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0