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Run: SRR6046208
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Run ID: SRR6046208

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:12:54

Number of reads: 1120020

Percentage reads mapped: 83.67

Strain: lineage4

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
fgd1 491027 p.Asn82Thr missense_variant 0.24
mshA 576751 p.Lys468Asn missense_variant 0.25
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303747 p.Thr273Ala missense_variant 1.0
fbiC 1305496 p.Ala856Thr missense_variant 0.96
embR 1416274 c.1074C>T synonymous_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472389 n.544G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472645 n.800G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472682 n.837T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472683 n.838T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473204 n.1359C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473316 n.1471C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474228 n.571T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
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rrl 1474869 n.1212G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
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rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
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rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476194 n.2537A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476235 n.2578A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476276 n.2619C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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