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Run: ERR323067
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Run ID: ERR323067

Sample name:

Date: 01-04-2023 00:49:49

Number of reads: 2122799

Percentage reads mapped: 58.56

Strain: lineage4.3.4.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 0.99
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 0.99
lineage4.3.4.2 Euro-American (LAM) LAM1;LAM4;LAM11 RD174 0.99
lineage4.3.4.2.1 Euro-American (LAM) LAM11 RD174 0.97
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6140 p.Val301Leu missense_variant 0.98
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472714 n.869A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472715 n.870C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472716 n.871C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472754 n.909G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472827 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473053 n.1208T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473191 n.1346C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473193 n.1348G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473198 n.1354delC non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473204 n.1359C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473206 n.1361G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475517 n.1860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475518 n.1861A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475526 n.1869C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475538 n.1881T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475540 n.1883C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475550 n.1893A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475551 n.1894T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475555 n.1898T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475564 n.1907C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475574 n.1917C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475576 n.1919C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476336 n.2679C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476356 n.2699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476383 n.2726T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476384 n.2727G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476411 n.2754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476442 n.2785T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476443 n.2786G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476455 n.2798C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476456 n.2799A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476463 n.2806C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2169320 p.Leu431Phe missense_variant 0.28
PPE35 2169866 c.747G>C synonymous_variant 0.3
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 0.96
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612009 p.Ala370Thr missense_variant 0.98
alr 3840719 c.702A>G synonymous_variant 1.0
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
embC 4242425 p.Arg855Gly missense_variant 0.34
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242822 p.Val987Gly missense_variant 0.19
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0