Run ID: ERR323067
Sample name:
Date: 01-04-2023 00:49:49
Number of reads: 2122799
Percentage reads mapped: 58.56
Strain: lineage4.3.4.2.1
Drug-resistance: Sensitive
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.3 | Euro-American (LAM) | mainly-LAM | None | 0.99 |
lineage4.3.4 | Euro-American (LAM) | LAM | RD174 | 0.99 |
lineage4.3.4.2 | Euro-American (LAM) | LAM1;LAM4;LAM11 | RD174 | 0.99 |
lineage4.3.4.2.1 | Euro-American (LAM) | LAM11 | RD174 | 0.97 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrB | 6140 | p.Val301Leu | missense_variant | 0.98 |
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 764995 | c.1626C>G | synonymous_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472714 | n.869A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472715 | n.870C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472716 | n.871C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrs | 1472754 | n.909G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472793 | n.948A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1472803 | n.958T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrs | 1472824 | n.979T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472827 | n.982G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472828 | n.983T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473044 | n.1199C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473051 | n.1206T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1473053 | n.1208T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1473068 | n.1223A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1473080 | n.1235C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1473147 | n.1302G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrs | 1473148 | n.1303G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473163 | n.1318C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473164 | n.1319C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473177 | n.1332G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473191 | n.1346C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473192 | n.1347A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473193 | n.1348G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473198 | n.1354delC | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473202 | n.1357C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473204 | n.1359C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473205 | n.1360T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473206 | n.1361G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1475517 | n.1860C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1475518 | n.1861A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1475526 | n.1869C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1475538 | n.1881T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1475539 | n.1882A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1475540 | n.1883C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1475545 | n.1888T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1475550 | n.1893A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1475551 | n.1894T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1475555 | n.1898T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1475564 | n.1907C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1475574 | n.1917C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1475576 | n.1919C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1476336 | n.2679C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrl | 1476356 | n.2699C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1476357 | n.2700T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1476358 | n.2701T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1476369 | n.2712C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrl | 1476382 | n.2725A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrl | 1476383 | n.2726T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrl | 1476384 | n.2727G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrl | 1476408 | n.2751G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.52 |
rrl | 1476411 | n.2754G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrl | 1476425 | n.2768G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrl | 1476429 | n.2772A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 |
rrl | 1476442 | n.2785T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrl | 1476443 | n.2786G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrl | 1476455 | n.2798C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrl | 1476456 | n.2799A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrl | 1476463 | n.2806C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
PPE35 | 2169320 | p.Leu431Phe | missense_variant | 0.28 |
PPE35 | 2169866 | c.747G>C | synonymous_variant | 0.3 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
thyA | 3073868 | p.Thr202Ala | missense_variant | 0.96 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3236c | 3612009 | p.Ala370Thr | missense_variant | 0.98 |
alr | 3840719 | c.702A>G | synonymous_variant | 1.0 |
clpC1 | 4038287 | c.2418C>T | synonymous_variant | 1.0 |
embC | 4242425 | p.Arg855Gly | missense_variant | 0.34 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embC | 4242822 | p.Val987Gly | missense_variant | 0.19 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4408156 | p.Leu16Arg | missense_variant | 1.0 |