TB-Profiler result

Run: ERR4814623
Summary

Run ID: ERR4814623

Sample name:

Date: 01-04-2023 13:24:02

Number of reads: 636728

Percentage reads mapped: 73.09

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5706 p.Leu156Arg missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
rpoB 761021 c.1215G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 761031 p.Gln409Asn missense_variant 0.15
rpoB 761036 c.1230G>C synonymous_variant 0.14
rpoB 761037 c.1231T>C synonymous_variant 0.14
rpoB 761054 c.1248G>C synonymous_variant 0.17
rpoB 761058 p.Val418Thr missense_variant 0.18
rpoB 761088 c.1282_1283delAGinsTC synonymous_variant 0.12
rpoB 761102 c.1296A>G synonymous_variant 0.12
rpoB 761570 c.1764T>C synonymous_variant 0.17
rpoB 761600 c.1794T>C synonymous_variant 0.26
rpoB 761612 c.1806G>C synonymous_variant 0.23
rpoB 761615 c.1809A>C synonymous_variant 0.16
rpoB 761633 c.1827G>C synonymous_variant 0.23
rpoB 761642 c.1836G>C synonymous_variant 0.18
rpoB 761643 p.Val613Ile missense_variant 0.18
rpoB 761648 c.1842T>C synonymous_variant 0.18
rpoB 761649 p.Ser615Pro missense_variant 0.19
rpoB 761654 p.Glu616Asp missense_variant 0.2
rpoC 763486 c.119delA frameshift_variant 0.18
rpoC 763528 c.159G>A synonymous_variant 0.2
rpoC 763531 c.162G>C synonymous_variant 0.27
rpoC 763534 c.165T>C synonymous_variant 0.3
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.3
rpoC 763550 p.Tyr61Ala missense_variant 0.3
rpoC 763558 c.189C>G synonymous_variant 0.18
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 763578 p.Phe70Tyr missense_variant 0.36
rpoC 763609 c.240C>G synonymous_variant 0.33
rpoC 763615 c.246G>C synonymous_variant 0.27
rpoC 763622 p.Ala85Ser missense_variant 0.2
rpoC 763642 c.273G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763647 p.Gly93Ala missense_variant 0.12
rpoC 764428 c.1059G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 764431 c.1062G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 764434 c.1065A>G synonymous_variant 0.18
rpoC 764435 c.1066A>C synonymous_variant 0.18
rpoC 764443 p.Ile358Met missense_variant 0.17
rpoC 764446 c.1077T>C synonymous_variant 0.17
rpoC 764452 c.1083T>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764459 p.Glu364Thr missense_variant 0.2
rpoC 764485 c.1116G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 764623 c.1254C>G synonymous_variant 0.14
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764635 c.1266C>G synonymous_variant 0.13
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.33
rpoC 764665 c.1296C>G synonymous_variant 0.2
rpoC 764671 c.1302G>C synonymous_variant 0.24
rpoC 764695 c.1326T>G synonymous_variant 0.16
rpoC 764703 p.Lys445Ser missense_variant 0.14
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.17
rpoC 764713 c.1344G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 764731 c.1362G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764737 c.1368G>C synonymous_variant 0.12
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1417211 p.Arg46His missense_variant 0.11
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472114 n.269A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472151 n.306C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472188 n.343A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472207 n.362A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472208 n.363A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472256 n.411T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472330 n.485G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472582 n.737G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472608 n.763T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472973 n.1128A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473017 n.1172A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473112 n.1267A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473201 n.1356A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473270 n.1425G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1473782 n.125A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473783 n.126A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473788 n.131A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473797 n.140G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473806 n.149C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473807 n.150T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473811 n.154C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473832 n.175C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1473836 n.179A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1473839 n.182G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1473840 n.183A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474202 n.545T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474326 n.669T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474393 n.736A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474402 n.745T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474492 n.835A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474525 n.868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474579 n.922A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474615 n.958A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474658 n.1001A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475109 n.1452C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475137 n.1480A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475170 n.1513A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475175 n.1518G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475188 n.1531C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475715 n.2058G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475743 n.2086T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475879 n.2222T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475892 n.2235A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476160 n.2503T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476183 n.2526A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476187 n.2530T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476235 n.2578A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476336 n.2679C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476528 n.2871A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476548 n.2891T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476580 n.2923G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476590 n.2933T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476600 n.2943A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476608 n.2951C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476609 n.2952G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476614 n.2957A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476616 n.2959A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476628 n.2971T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476629 n.2972C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476633 n.2976A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rpsA 1834210 c.669C>T synonymous_variant 0.15
rpsA 1834213 c.672G>C synonymous_variant 0.15
rpsA 1834219 c.678C>G synonymous_variant 0.17
rpsA 1834222 c.681T>C synonymous_variant 0.15
rpsA 1834225 c.684C>G synonymous_variant 0.15
rpsA 1834228 c.687C>T synonymous_variant 0.15
rpsA 1834231 c.690T>C synonymous_variant 0.15
rpsA 1834234 c.693G>A synonymous_variant 0.15
rpsA 1834246 c.705G>T synonymous_variant 0.17
rpsA 1834249 c.708T>C synonymous_variant 0.17
rpsA 1834261 c.720A>G synonymous_variant 0.3
rpsA 1834264 c.723G>C synonymous_variant 0.27
rpsA 1834285 c.744G>C synonymous_variant 0.18
rpsA 1834294 c.753G>C synonymous_variant 0.25
rpsA 1834298 p.Gln253Glu missense_variant 0.22
rpsA 1834306 c.765T>C synonymous_variant 0.22
rpsA 1834348 c.807T>C synonymous_variant 0.14
rpsA 1834532 p.Val331Ile missense_variant 0.25
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168149 p.Pro822Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289930 c.-689A>G upstream_gene_variant 0.15
eis 2715065 p.Thr90Ser missense_variant 0.13
Rv3083 3448322 c.-182G>A upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4040066 c.639G>C synonymous_variant 0.13
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4244929 p.Thr566Arg missense_variant 0.15
embA 4244933 c.1701A>G synonymous_variant 0.15
whiB6 4338486 c.36C>T synonymous_variant 0.15
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0