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Run: ERR4816462
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Run ID: ERR4816462

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:26:32

Number of reads: 739552

Percentage reads mapped: 80.76

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5938 c.699A>T synonymous_variant 0.12
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764458 c.1089G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764461 c.1092A>G synonymous_variant 0.1
rpoC 764485 c.1116G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764491 c.1122G>T synonymous_variant 0.14
rpoC 764497 c.1128A>G synonymous_variant 0.14
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
rpoC 766049 p.Glu894Lys missense_variant 0.13
rpoC 766262 p.Val965Met missense_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 801204 c.396C>T synonymous_variant 0.2
fbiC 1303551 c.621G>T synonymous_variant 0.15
fbiC 1304385 c.1455C>T synonymous_variant 0.18
fbiC 1304510 p.Ala527Val missense_variant 0.15
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471995 n.151_152delCT non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.18
rrl 1473784 n.127A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474163 n.506C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474627 n.970G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475031 n.1374G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475059 n.1403_1404insTA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475062 n.1405A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475065 n.1409_1411delCAA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475080 n.1425_1426delCC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475751 n.2094C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475754 n.2097G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475760 n.2103C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475762 n.2105G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1475780 n.2123A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475783 n.2126T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476235 n.2578A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476276 n.2619C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476295 n.2638C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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