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Run: ERR4819593
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Run ID: ERR4819593

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:11:58

Number of reads: 1417571

Percentage reads mapped: 96.72

Strain: lineage4.5

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.5 Euro-American H;T RD122 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7892 c.591G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
ccsA 620029 c.139C>T synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304847 c.1917C>T synonymous_variant 0.29
Rv1258c 1406101 p.Pro414Ser missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472451 n.606C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473270 n.1425G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473281 n.1436_1437insT non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473317 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474326 n.669T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474381 n.724T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476113 n.2456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476164 n.2507A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476180 n.2523C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476194 n.2537A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476235 n.2578A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476276 n.2619C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476295 n.2638C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476306 n.2649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476307 n.2650A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476311 n.2654G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168945 c.1668T>C synonymous_variant 1.0
PPE35 2170568 p.Ile15Met missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3065497 p.Arg232Pro missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
rpoA 3878575 c.-68C>T upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4038318 p.Pro796Leu missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0