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Run: ERR9786613
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Run ID: ERR9786613

Sample name:

Date: 02-04-2023 12:35:22

Number of reads: 1934480

Percentage reads mapped: 85.52

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8814 p.Val505Ile missense_variant 0.97
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 0.98
rpoC 762878 c.-492C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
rpoC 766089 p.Asp907Gly missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777330 c.1150delG frameshift_variant 0.98
mmpL5 778732 c.-252C>T upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472545 n.700A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472571 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472583 n.738T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473062 n.1217T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473065 n.1220C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473147 n.1302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473164 n.1319C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474709 n.1053_1056delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474717 n.1060_1061insGTGAG non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476251 n.2594T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476255 n.2598A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476256 n.2599A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476268 n.2611A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476275 n.2618T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476276 n.2619C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476298 n.2641C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476309 n.2652G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476325 n.2668A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476491 n.2834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476529 n.2872A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476531 n.2874T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 0.99
ald 3086698 c.-122G>A upstream_gene_variant 0.99
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0