TB-Profiler result

Run: SRR6046087
Summary

Run ID: SRR6046087

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:10:54

Number of reads: 107186

Percentage reads mapped: 2.73

Strain:

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0 streptomycin
embC 4240838 p.Trp326Arg missense_variant 1.0 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7938 p.Glu213* stop_gained 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776702 c.1779C>T synonymous_variant 0.5
mmpL5 776726 c.1755C>T synonymous_variant 0.25
mmpL5 776732 c.1749C>T synonymous_variant 0.25
mmpL5 776735 c.1746C>T synonymous_variant 0.33
mmpL5 776738 c.1743C>T synonymous_variant 0.33
mmpL5 776741 c.1740C>G synonymous_variant 0.33
mmpL5 776744 c.1735_1737delCGCinsAGG synonymous_variant 0.33
mmpL5 776948 c.1533C>T synonymous_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304600 p.Ile557Thr missense_variant 0.18
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471761 n.-85G>T upstream_gene_variant 0.17
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473008 n.1164delT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473316 n.1471C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473676 n.20dupC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473839 n.182G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1473876 n.219G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474141 n.484G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474142 n.485C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474228 n.571T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474353 n.696A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474628 n.971C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474797 n.1140G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474826 n.1169T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474869 n.1212G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475028 n.1371G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475030 n.1373G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475031 n.1374G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475033 n.1376G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475757 n.2101_2104delACCC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475993 n.2336C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476030 n.2373A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476032 n.2375C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476034 n.2377C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476040 n.2383C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476045 n.2388G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476047 n.2390G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476076 n.2419A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rpsA 1834051 c.510G>A synonymous_variant 1.0
rpsA 1834054 c.513C>T synonymous_variant 1.0
katG 2156152 c.-41G>A upstream_gene_variant 0.14
katG 2156166 c.-55T>A upstream_gene_variant 0.14
PPE35 2168742 p.Gly624Asp missense_variant 0.99
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448714 p.Asp71His missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 1.0
ethA 4326439 p.Asn345Lys missense_variant 1.0
whiB6 4338596 c.-75G>C upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338603 c.-82C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338635 c.-114A>C upstream_gene_variant 1.0
gid 4407873 c.330G>T synonymous_variant 1.0