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Run: SRR6046612
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Run ID: SRR6046612

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:20:17

Number of reads: 2322344

Percentage reads mapped: 72.64

Strain: lineage1.1.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.1 Indo-Oceanic EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.1 Indo-Oceanic EAI4;EAI5 RD239 0.99
lineage1.1.1.1 Indo-Oceanic EAI4;ZERO RD239 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7634 c.333C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 490972 p.Arg64Ser missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 765171 p.Pro601Leu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 777581 p.Tyr300* stop_gained 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472180 n.335A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472181 n.336G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472837 n.992C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472843 n.998_999insT non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472846 n.1002delG non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472849 n.1004C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472850 n.1005T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472855 n.1011_1012insGT non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472878 n.1033G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472971 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473089 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473091 n.1246G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473120 n.1275C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473132 n.1287T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474308 n.651G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474311 n.656_657dupTG non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474483 n.826C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474497 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474869 n.1212G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475715 n.2058G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475761 n.2104C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475764 n.2107A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475766 n.2109G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476188 n.2531C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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