TB-Profiler result

Run: SRR6046655
Summary

Run ID: SRR6046655

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:21:17

Number of reads: 3046172

Percentage reads mapped: 86.5

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 0.99
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9569 c.2268C>T synonymous_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575423 p.Arg26Cys missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474201 n.544T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474272 n.615C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474308 n.651G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474747 n.1090C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474799 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474869 n.1212G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474933 n.1276A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474934 n.1277C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475874 n.2217C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476214 n.2557G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476253 n.2596A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476299 n.2642C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476308 n.2651G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2170053 p.Thr187Ser missense_variant 0.1
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
rpoA 3878578 c.-71C>A upstream_gene_variant 0.18
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 0.98