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Run: SRR6046739
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Run ID: SRR6046739

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:22:42

Number of reads: 2511426

Percentage reads mapped: 80.25

Strain: lineage1.1.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.1 Indo-Oceanic EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.2 Indo-Oceanic EAI3;EAI5 RD239 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47 streptomycin
gid 4408100 c.102delG frameshift_variant 1.0 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 0.97
gyrB 6124 c.885C>T synonymous_variant 0.97
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9047 c.1746C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 0.99
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9443 c.2142G>A synonymous_variant 0.99
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 576000 p.Asp218Ala missense_variant 1.0
rpoB 760118 c.312T>G synonymous_variant 1.0
rpoB 760490 c.684C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 765171 p.Pro601Leu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776395 p.Phe696Leu missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472380 n.535G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472953 n.1111_1112delTC non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472959 n.1114_1115insTA non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472967 n.1122G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473089 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1473676 n.19G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1473679 n.22T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1473697 n.40C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1473698 n.41G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1473718 n.61G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473721 n.64G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473722 n.65G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473731 n.74T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473744 n.87T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1473746 n.89T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1473747 n.90C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1473751 n.94C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1473753 n.96A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1473757 n.100T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474173 n.516T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474579 n.922A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474615 n.958A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474628 n.971C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475154 n.1497C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475175 n.1518G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475188 n.1531C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475713 n.2056C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475767 n.2110G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475874 n.2217C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475876 n.2220_2221delCT non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475895 n.2238C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475914 n.2257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475920 n.2263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475921 n.2264A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476126 n.2469C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
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rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476214 n.2557G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
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