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Run: SRR6832359
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Run ID: SRR6832359

Sample name:

Date: 04-04-2023 17:22:41

Number of reads: 2888383

Percentage reads mapped: 89.57

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoB 762579 p.Ile925Val missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 766645 p.Glu1092Asp missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472181 n.336G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472583 n.738T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473191 n.1346C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473206 n.1361G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473288 n.1443C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473316 n.1471C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476542 n.2885T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476543 n.2886G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0