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Run ID: ERR176619

Sample name:

Date: 24-01-2024 12:25:07

Number of reads: 1810923

Percentage reads mapped: 62.8

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Rifampicin
Isoniazid
Ethambutol
Pyrazinamide
Streptomycin
Fluoroquinolones
Moxifloxacin
Ofloxacin
Levofloxacin
Ciprofloxacin
Aminoglycosides
Amikacin
Capreomycin
Kanamycin
Cycloserine
Ethionamide
Clofazimine
Para-aminosalicylic_acid
Delamanid
Bedaquiline
Linezolid
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472708 n.863T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472803 n.958T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473201 n.1356_1357delACinsT non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473262 n.1417T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475092 n.1435A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475094 n.1437C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475113 n.1456C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475115 n.1458A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475129 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475154 n.1497C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475869 n.2212C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476251 n.2594T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476353 n.2696G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476359 n.2702C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476411 n.2754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476463 n.2806C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476470 n.2813C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476513 n.2856G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0