Run ID: ERR2027220
Sample name:
Date: 31-03-2023 15:39:56
Number of reads: 362489
Percentage reads mapped: 84.39
Strain: lineage3.1.3
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage3 | East-African-Indian | CAS | RD750 | 1.0 |
lineage3.1.3 | East-African-Indian | CAS | RD750 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
gyrB | 6742 | p.Glu501Asp | missense_variant | 0.15 | ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin |
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 | streptomycin |
rrs | 1473247 | n.1402C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
pncA | 2288847 | p.Gly132Asp | missense_variant | 0.17 | pyrazinamide |
gid | 4408125 | c.77delT | frameshift_variant | 1.0 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrB | 5465 | p.Glu76Gln | missense_variant | 0.17 |
gyrB | 5656 | c.417C>T | synonymous_variant | 0.2 |
gyrB | 5833 | c.594G>T | synonymous_variant | 0.22 |
gyrB | 6656 | p.Ser473Thr | missense_variant | 0.17 |
gyrA | 7273 | c.-29_-28insT | upstream_gene_variant | 0.2 |
gyrA | 7343 | c.42G>A | synonymous_variant | 0.25 |
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9162 | p.Pro621Ser | missense_variant | 0.12 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9630 | p.Val777Leu | missense_variant | 0.11 |
fgd1 | 491629 | p.Arg283Cys | missense_variant | 0.11 |
fgd1 | 491742 | c.960T>C | synonymous_variant | 1.0 |
mshA | 575370 | p.Asp8Ala | missense_variant | 0.29 |
mshA | 575397 | p.Arg17His | missense_variant | 0.25 |
mshA | 575540 | p.Ala65Pro | missense_variant | 0.15 |
mshA | 575681 | p.Val112Leu | missense_variant | 0.17 |
mshA | 575741 | p.Phe132Val | missense_variant | 0.15 |
mshA | 575810 | p.Tyr155His | missense_variant | 0.17 |
mshA | 575933 | p.Pro196Ala | missense_variant | 0.12 |
mshA | 576015 | p.Gln223Arg | missense_variant | 0.14 |
mshA | 576727 | c.1380A>C | synonymous_variant | 0.4 |
ccsA | 619698 | c.-193G>A | upstream_gene_variant | 0.29 |
ccsA | 620700 | c.810C>G | synonymous_variant | 1.0 |
rpoB | 761175 | p.Leu457Val | missense_variant | 0.11 |
rpoB | 762042 | p.Ile746Phe | missense_variant | 0.14 |
rpoC | 762434 | c.-936T>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoB | 762927 | p.Gly1041Trp | missense_variant | 0.17 |
rpoC | 763031 | c.-339T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoC | 765193 | p.Glu608Asp | missense_variant | 0.22 |
rpoC | 765270 | p.Lys634Arg | missense_variant | 0.18 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 776100 | p.Thr794Ile | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 776240 | c.2241G>A | synonymous_variant | 0.13 |
mmpL5 | 776492 | c.1988delA | frameshift_variant | 0.17 |
mmpL5 | 777537 | p.Leu315Pro | missense_variant | 0.14 |
mmpL5 | 777747 | p.Gly245Glu | missense_variant | 0.2 |
mmpL5 | 777818 | c.663G>C | synonymous_variant | 0.12 |
mmpL5 | 778455 | p.Pro9Gln | missense_variant | 0.11 |
mmpS5 | 778841 | p.Gly22Val | missense_variant | 0.13 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rplC | 801195 | c.387G>A | synonymous_variant | 0.15 |
rplC | 801241 | p.His145Tyr | missense_variant | 0.15 |
fbiC | 1302994 | p.Asn22Tyr | missense_variant | 0.29 |
fbiC | 1303589 | p.Arg220Gln | missense_variant | 0.25 |
fbiC | 1304037 | c.1107G>T | synonymous_variant | 0.12 |
fbiC | 1304091 | p.Asp387Glu | missense_variant | 0.13 |
fbiC | 1304111 | p.Ala394Glu | missense_variant | 0.15 |
Rv1258c | 1407379 | c.-39C>T | upstream_gene_variant | 0.18 |
embR | 1416564 | p.Ala262Thr | missense_variant | 0.12 |
embR | 1417099 | c.249C>A | synonymous_variant | 0.14 |
atpE | 1461186 | p.Arg48Trp | missense_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471923 | n.78T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1471929 | n.84C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1471967 | n.122G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1471980 | n.135G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1471981 | n.136C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472017 | n.172C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472027 | n.184_188delCGGGA | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472035 | n.190G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472041 | n.196C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472043 | n.198T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472044 | n.199G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472053 | n.211_212delGC | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472057 | n.212C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472061 | n.216A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472062 | n.217G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472067 | n.222G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472068 | n.223T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472075 | n.230A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472078 | n.233C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472102 | n.257G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472106 | n.261G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472108 | n.263C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472113 | n.268T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472122 | n.277G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472123 | n.278A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472124 | n.279C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472150 | n.305T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472151 | n.306C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472155 | n.310C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472160 | n.315C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrs | 1472225 | n.380C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472251 | n.406G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472285 | n.440A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472286 | n.441C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472289 | n.444T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472290 | n.445C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472297 | n.453_461delGTCCGGGTT | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472309 | n.464C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472311 | n.466C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472312 | n.468_470delGAT | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472324 | n.479G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472325 | n.480G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472328 | n.483G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472330 | n.485G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472344 | n.499C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrs | 1472379 | n.534T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472400 | n.555C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472416 | n.571C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472422 | n.577T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472434 | n.589_590insC | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472437 | n.592T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472438 | n.594delC | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472446 | n.601T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472447 | n.602C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472448 | n.603T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472450 | n.605A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472451 | n.606C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472459 | n.614_615insCCCG | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472467 | n.622G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472473 | n.628G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472474 | n.629C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472476 | n.631A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472494 | n.649A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472496 | n.651T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472498 | n.653C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472558 | n.713G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472569 | n.724G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472598 | n.753A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1472599 | n.754G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472655 | n.810G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472658 | n.813G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472661 | n.816A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472665 | n.820G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472670 | n.825G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472690 | n.845C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1472695 | n.850C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472697 | n.852T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1472713 | n.868T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472716 | n.871C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472828 | n.983T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472836 | n.991G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472837 | n.992C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472843 | n.998_999insT | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472846 | n.1002delG | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472849 | n.1004C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472850 | n.1005T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472855 | n.1011_1012insGT | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1472873 | n.1028C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472878 | n.1033G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472880 | n.1035G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472895 | n.1050C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1472952 | n.1107T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472955 | n.1110C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472973 | n.1128A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472987 | n.1142G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472989 | n.1144G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473088 | n.1243A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473093 | n.1248C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473100 | n.1255G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1473102 | n.1257C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1473104 | n.1259C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473110 | n.1265T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473111 | n.1266A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473115 | n.1270G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473145 | n.1300C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473252 | n.1407T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1473259 | n.1414C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrl | 1473418 | n.-240G>T | upstream_gene_variant | 0.14 |
rrl | 1473568 | n.-90G>T | upstream_gene_variant | 0.18 |
rrl | 1474164 | n.507C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1474171 | n.514C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1474181 | n.524C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1474184 | n.527C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1474185 | n.528G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1474197 | n.540C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1474199 | n.542G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1474202 | n.545T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1474249 | n.592G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1474269 | n.612C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1474275 | n.618T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1474280 | n.623C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1474281 | n.624A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1474284 | n.631_633delCCT | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1474293 | n.637_651delCCTCTCCGGAGGAGG | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrl | 1474310 | n.653T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrl | 1474316 | n.659T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrl | 1474317 | n.660G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrl | 1474348 | n.691C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrl | 1474351 | n.694G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrl | 1474353 | n.696A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrl | 1474354 | n.697C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1474362 | n.705A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1474383 | n.726G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1474387 | n.730C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1474794 | n.1137C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1474823 | n.1166C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1474827 | n.1170C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1474830 | n.1173A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1474831 | n.1174A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1474864 | n.1207C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1474883 | n.1226T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrl | 1474904 | n.1247G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1475188 | n.1531C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1475249 | n.1592T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1475869 | n.2212C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1475881 | n.2224T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1475883 | n.2226A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1475898 | n.2241A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1475899 | n.2242G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1475916 | n.2259C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1475937 | n.2280A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1475943 | n.2286G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1475977 | n.2320A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrl | 1475990 | n.2333G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1475997 | n.2340A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1476028 | n.2372_2375delAACC | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1476034 | n.2377_2378insACAT | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1476046 | n.2389G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1476048 | n.2391G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1476049 | n.2392C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1476076 | n.2419A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrl | 1476086 | n.2429G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrl | 1476087 | n.2430C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrl | 1476090 | n.2434dupT | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1476099 | n.2442A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1476100 | n.2443A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1476103 | n.2446C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1476105 | n.2450delA | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1476110 | n.2453G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1476113 | n.2456T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1476131 | n.2474C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476164 | n.2507A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrl | 1476224 | n.2567A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1476245 | n.2588C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1476252 | n.2595T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1476256 | n.2599A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1476260 | n.2603A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1476281 | n.2624T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1476294 | n.2637A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrl | 1476295 | n.2638C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrl | 1476296 | n.2639C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1476299 | n.2642C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476300 | n.2643G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1476301 | n.2644A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1476308 | n.2651G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476337 | n.2680C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1476429 | n.2772A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1476515 | n.2858C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1476524 | n.2867C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1476525 | n.2868A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1476530 | n.2873C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1476536 | n.2879G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1476539 | n.2882A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1476540 | n.2883C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1476547 | n.2890C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1476585 | n.2928A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrl | 1476594 | n.2937C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476603 | n.2946G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1476607 | n.2950C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476608 | n.2951C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476613 | n.2956G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476614 | n.2957A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476616 | n.2959A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476619 | n.2962C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476628 | n.2971T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476629 | n.2972C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476630 | n.2973A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476714 | n.3057G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
inhA | 1674114 | c.-88T>C | upstream_gene_variant | 0.12 |
fabG1 | 1674118 | p.Glu227Lys | missense_variant | 0.12 |
inhA | 1674411 | c.210C>T | synonymous_variant | 0.12 |
rpsA | 1834159 | c.618G>A | synonymous_variant | 1.0 |
rpsA | 1834733 | p.Ala398Thr | missense_variant | 0.14 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
ndh | 2101807 | c.1236C>A | synonymous_variant | 0.12 |
ndh | 2102400 | p.Asp215Tyr | missense_variant | 0.22 |
ndh | 2102943 | p.Lys34* | stop_gained | 0.17 |
katG | 2154472 | p.Gly547Asp | missense_variant | 0.11 |
katG | 2154724 | p.Arg463Leu | missense_variant | 1.0 |
katG | 2154863 | p.His417Asn | missense_variant | 0.17 |
PPE35 | 2167926 | p.Leu896Ser | missense_variant | 1.0 |
PPE35 | 2168028 | p.Pro862His | missense_variant | 0.11 |
PPE35 | 2168644 | p.Phe657Leu | missense_variant | 0.11 |
Rv1979c | 2222223 | c.942C>G | synonymous_variant | 0.14 |
Rv1979c | 2222445 | c.720C>T | synonymous_variant | 0.14 |
Rv1979c | 2222732 | c.432delT | frameshift_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223131 | p.His12Asn | missense_variant | 0.11 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
pncA | 2288814 | p.Ala143Val | missense_variant | 0.17 |
pncA | 2289365 | c.-125delC | upstream_gene_variant | 1.0 |
pncA | 2289455 | c.-214G>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
kasA | 2518557 | p.Asn148Ile | missense_variant | 0.22 |
kasA | 2518648 | p.Ile178Met | missense_variant | 0.2 |
eis | 2715014 | p.Arg107Cys | missense_variant | 0.18 |
eis | 2715058 | p.Arg92Leu | missense_variant | 0.15 |
ahpC | 2726000 | c.-193T>A | upstream_gene_variant | 0.2 |
ahpC | 2726003 | c.-190C>A | upstream_gene_variant | 0.2 |
ahpC | 2726105 | c.-88G>A | upstream_gene_variant | 1.0 |
folC | 2746176 | p.Ala475Pro | missense_variant | 0.22 |
folC | 2746876 | c.723C>T | synonymous_variant | 1.0 |
folC | 2747425 | c.174C>G | synonymous_variant | 0.17 |
pepQ | 2859990 | c.429G>T | synonymous_variant | 0.11 |
ribD | 2987128 | p.Arg97Gln | missense_variant | 0.12 |
Rv2752c | 3064886 | p.Ala436Ser | missense_variant | 0.12 |
Rv2752c | 3065860 | p.Leu111Arg | missense_variant | 1.0 |
Rv2752c | 3067106 | c.-915G>C | upstream_gene_variant | 0.17 |
thyA | 3073685 | p.Val263Leu | missense_variant | 0.33 |
thyA | 3073739 | p.Asp245Tyr | missense_variant | 0.13 |
thyA | 3074091 | c.380delG | frameshift_variant | 0.12 |
thyA | 3074419 | p.Lys18Arg | missense_variant | 0.25 |
thyA | 3074645 | c.-174T>G | upstream_gene_variant | 0.25 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
ald | 3087156 | p.Thr113Ser | missense_variant | 0.22 |
Rv3083 | 3448950 | p.Tyr149* | stop_gained | 0.12 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3474790 | p.Pro262Thr | missense_variant | 0.15 |
fprA | 3474904 | p.Gly300Trp | missense_variant | 0.13 |
whiB7 | 3568464 | c.216C>T | synonymous_variant | 0.18 |
Rv3236c | 3612853 | p.His88Gln | missense_variant | 0.12 |
fbiA | 3640549 | p.Val3Phe | missense_variant | 0.2 |
fbiB | 3642692 | c.1158C>G | synonymous_variant | 0.25 |
alr | 3840566 | p.Lys285Ser | missense_variant | 0.12 |
alr | 3840923 | c.498C>A | synonymous_variant | 0.13 |
alr | 3841184 | p.Gln79His | missense_variant | 0.33 |
alr | 3841207 | p.His72Tyr | missense_variant | 1.0 |
alr | 3841218 | p.Asp68Val | missense_variant | 0.18 |
rpoA | 3878046 | c.462T>C | synonymous_variant | 0.15 |
rpoA | 3878204 | p.Pro102Ala | missense_variant | 0.12 |
rpoA | 3878504 | p.Leu2Met | missense_variant | 0.2 |
clpC1 | 4039199 | c.1506C>A | synonymous_variant | 0.18 |
clpC1 | 4039384 | p.Ala441Thr | missense_variant | 0.17 |
panD | 4044115 | c.166dupG | frameshift_variant | 0.4 |
panD | 4044175 | p.Ala36Asp | missense_variant | 0.33 |
embC | 4239878 | c.20dupC | frameshift_variant | 0.11 |
embC | 4241291 | p.Leu477Met | missense_variant | 0.14 |
embC | 4241953 | c.2091G>A | synonymous_variant | 0.15 |
embC | 4242075 | p.Arg738Gln | missense_variant | 1.0 |
embC | 4242402 | p.Arg847Leu | missense_variant | 0.17 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4243194 | c.-39C>A | upstream_gene_variant | 0.12 |
embA | 4245395 | c.2163C>A | synonymous_variant | 0.12 |
embA | 4245705 | p.His825Asp | missense_variant | 0.33 |
embB | 4246010 | c.-504G>T | upstream_gene_variant | 0.22 |
embB | 4247900 | p.Leu463Met | missense_variant | 0.25 |
embB | 4249195 | c.2682C>A | synonymous_variant | 1.0 |
embB | 4249756 | c.3243C>A | synonymous_variant | 0.14 |
aftB | 4267290 | p.Ala516Val | missense_variant | 0.2 |
aftB | 4267451 | c.1386G>A | synonymous_variant | 0.17 |
aftB | 4269576 | c.-740C>A | upstream_gene_variant | 0.25 |
ethA | 4326899 | p.Pro192Leu | missense_variant | 0.17 |
ethR | 4327715 | p.Ile56Thr | missense_variant | 0.1 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4407588 | c.615A>G | synonymous_variant | 1.0 |
gid | 4408175 | p.Ala10Pro | missense_variant | 1.0 |
gid | 4408243 | c.-44_-42delCAC | upstream_gene_variant | 0.2 |