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Run: ERR211997
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Run ID: ERR211997

Sample name:

Date: 31-03-2023 15:43:56

Number of reads: 2357354

Percentage reads mapped: 92.82

Strain: lineage3.1.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 0.99
lineage3.1 East-African-Indian Non-CAS1-Delhi RD750 1.0
lineage3.1.1 East-African-Indian CAS1-Kili RD750 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 0.98
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472582 n.737G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472733 n.888G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472742 n.897C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473124 n.1279A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475065 n.1408G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475076 n.1419C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475081 n.1424C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475092 n.1435A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475094 n.1437C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475106 n.1449G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475108 n.1451C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475109 n.1452C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475115 n.1458A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475122 n.1465C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475129 n.1472G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475154 n.1497C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2170461 p.Gly51Glu missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4038857 c.1848C>A synonymous_variant 0.27
embC 4241562 p.Arg567His missense_variant 1.0
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0