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Run: ERR4769467
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Run ID: ERR4769467

Sample name:

Date: 01-04-2023 06:41:39

Number of reads: 75309

Percentage reads mapped: 2.32

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 0.94
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.82
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 6406 c.-896C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 8285 c.984C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 765751 c.2382C>T synonymous_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781402 c.-158A>G upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302899 c.-32A>G upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472333 n.490dupA non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472338 n.493A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
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rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472659 n.814G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472669 n.824_825insTAG non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472677 n.832C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472678 n.833T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472679 n.834_835insAC non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472684 n.841_846delGATCCG non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472697 n.852T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472705 n.860G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
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rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472970 n.1125C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472975 n.1130T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
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rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
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rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
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rrl 1474758 n.1101G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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rrl 1474931 n.1274G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475122 n.1465C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0