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Run: ERR4818261
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Run ID: ERR4818261

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:27:39

Number of reads: 895014

Percentage reads mapped: 84.73

Strain: lineage1.1.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 0.99
lineage1.1 Indo-Oceanic EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.2 Indo-Oceanic EAI3;EAI5 RD239 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
ethA 4327412 p.Trp21* stop_gained 0.12 ethionamide
gid 4407802 p.Ala134Glu missense_variant 1.0 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrB 6124 c.885C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9300 p.Ala667Ser missense_variant 0.17
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9575 c.2274G>A synonymous_variant 0.12
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 576530 p.Val395Ile missense_variant 0.2
rpoB 760490 c.684C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 761096 c.1290G>C synonymous_variant 0.1
rpoB 761102 c.1296A>G synonymous_variant 0.11
rpoB 761133 c.1327T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 762926 c.-444C>G upstream_gene_variant 0.15
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 0.16
rpoC 762932 c.-438G>C upstream_gene_variant 0.1
rpoC 762938 c.-432G>C upstream_gene_variant 0.2
rpoC 762971 c.-399G>C upstream_gene_variant 0.15
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.14
rpoC 763013 c.-357C>A upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763022 c.-348C>A upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.88
rpoC 763049 c.-321G>A upstream_gene_variant 0.21
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 0.23
rpoB 763074 p.Thr1090Val missense_variant 0.23
rpoC 763082 c.-288C>T upstream_gene_variant 0.21
rpoC 763088 c.-282C>G upstream_gene_variant 0.23
rpoC 763094 c.-276G>C upstream_gene_variant 0.19
rpoC 763100 c.-270G>A upstream_gene_variant 0.18
rpoC 763103 c.-267G>C upstream_gene_variant 0.19
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 764703 p.Lys445Ser missense_variant 0.15
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.25
rpoC 764713 c.1344G>C synonymous_variant 0.27
rpoC 765171 p.Pro601Leu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776395 p.Phe696Leu missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781570 p.Ile4Thr missense_variant 0.11
rpsL 781750 p.Thr64Met missense_variant 0.17
fbiC 1303016 p.Val29Gly missense_variant 0.2
fbiC 1304930 p.Thr667Ile missense_variant 0.2
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472450 n.605A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472451 n.606C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472461 n.616G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472462 n.617T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472673 n.828T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472971 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472972 n.1127T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473091 n.1246G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473120 n.1275C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473132 n.1287T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473275 n.1430C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1473876 n.219G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1473899 n.242A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474202 n.545T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474275 n.618T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474310 n.655delG non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474351 n.694G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474371 n.714C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474378 n.721G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474783 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474784 n.1127C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474832 n.1175A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474862 n.1205C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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