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Run: ERR4820742
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Run ID: ERR4820742

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:51:10

Number of reads: 973248

Percentage reads mapped: 59.77

Strain: lineage4.3.4.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 1.0
lineage4.3.4.2 Euro-American (LAM) LAM1;LAM4;LAM11 RD174 1.0
lineage4.3.4.2.1 Euro-American (LAM) LAM11 RD174 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5076 c.-164_-163insT upstream_gene_variant 1.0
gyrB 5107 c.-133C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrB 6140 p.Val301Leu missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 759620 c.-187A>C upstream_gene_variant 0.22
rpoB 761152 p.Leu449Gln missense_variant 0.1
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 766393 c.3024C>T synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472244 n.399C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472669 n.824_825insTGGA non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472697 n.852T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472959 n.1114_1115insTA non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472967 n.1122G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473215 n.1370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473258 n.1413T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473264 n.1419A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473284 n.1439A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473312 n.1467G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473317 n.1472G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475031 n.1374G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475059 n.1403_1404insTA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475062 n.1405A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475065 n.1409_1411delCAA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475080 n.1425_1426delCC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475657 n.2000A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
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rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1475713 n.2056C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475754 n.2097G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475772 n.2115A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1475780 n.2123A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475783 n.2126T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475892 n.2235A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476251 n.2594T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476253 n.2596A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
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rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
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rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
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rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
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rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476528 n.2871A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
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rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476539 n.2882A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476544 n.2887T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476547 n.2890C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476548 n.2891T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476563 n.2906G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476566 n.2909A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476583 n.2926G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476595 n.2938C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476600 n.2943A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476602 n.2945G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476608 n.2951C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476614 n.2957A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2169854 c.759T>G synonymous_variant 0.17
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726341 p.Val50Gly missense_variant 0.24
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612009 p.Ala370Thr missense_variant 1.0
alr 3840719 c.702A>G synonymous_variant 1.0
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4244932 p.Pro567Gln missense_variant 0.12
aftB 4268797 p.Ala14Thr missense_variant 0.14
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0