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Run ID: ERR6866186

Sample name:

Date: 02-04-2023 03:18:02

Number of reads: 1460679

Percentage reads mapped: 67.79

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 0.98
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472263 n.418C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472271 n.426T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472277 n.432C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472575 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472669 n.824_825insTAGA non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472678 n.833T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472682 n.839_843delGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472970 n.1125C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472971 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472973 n.1129_1130delAT non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474738 n.1081G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474740 n.1083G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474747 n.1090C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474758 n.1101G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474797 n.1140_1141insTATA non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474800 n.1144_1147delGTGC non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
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rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
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rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
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rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
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rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
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rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
alr 3840764 c.657G>C synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338593 c.-73delT upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338596 c.-75G>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0