TB-Profiler result

Run: SRR1169301
Summary

Run ID: SRR1169301

Sample name:

Date: 03-04-2023 02:51:07

Number of reads: 1048361

Percentage reads mapped: 73.05

Strain: lineage4.1.1.3

Drug-resistance: Pre-XDR-TB

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
lineage4.1.1.3 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7582 p.Asp94Gly missense_variant 1.0 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 0.96 rifampicin
rrs 1472723 n.878G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63 streptomycin
rrs 1473246 n.1401A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2288782 p.Arg154Gly missense_variant 1.0 pyrazinamide
ald 3087278 c.464delG frameshift_variant 1.0 cycloserine
embA 4243217 c.-16C>G upstream_gene_variant 1.0 ethambutol
embB 4247431 p.Met306Ile missense_variant 1.0 ethambutol
ethA 4326279 c.1192_1194dupGTG conservative_inframe_insertion 0.95 ethionamide
ethA 4326604 c.869dupA frameshift_variant 1.0 ethionamide, ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
ccsA 620351 p.Arg154Leu missense_variant 0.11
rpoB 762285 p.Arg827Cys missense_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781435 c.-125G>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472122 n.277G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473084 n.1239T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474797 n.1140_1141insTATA non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474800 n.1144_1147delGTGC non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embB 4249408 c.2895G>A synonymous_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407798 c.405G>T synonymous_variant 1.0