Run ID: SRR1169301
Sample name:
Date: 03-04-2023 02:51:07
Number of reads: 1048361
Percentage reads mapped: 73.05
Strain: lineage4.1.1.3
Drug-resistance: Pre-XDR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1 | Euro-American | T;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1.1 | Euro-American (X-type) | X1;X2;X3 | None | 1.0 |
lineage4.1.1.3 | Euro-American (X-type) | X1;X3 | RD193 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
gyrA | 7582 | p.Asp94Gly | missense_variant | 1.0 | ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin |
rpoB | 761155 | p.Ser450Leu | missense_variant | 0.96 | rifampicin |
rrs | 1472723 | n.878G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.63 | streptomycin |
rrs | 1473246 | n.1401A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.91 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
fabG1 | 1673425 | c.-15C>T | upstream_gene_variant | 1.0 | isoniazid, ethionamide |
katG | 2155168 | p.Ser315Thr | missense_variant | 1.0 | isoniazid |
pncA | 2288782 | p.Arg154Gly | missense_variant | 1.0 | pyrazinamide |
ald | 3087278 | c.464delG | frameshift_variant | 1.0 | cycloserine |
embA | 4243217 | c.-16C>G | upstream_gene_variant | 1.0 | ethambutol |
embB | 4247431 | p.Met306Ile | missense_variant | 1.0 | ethambutol |
ethA | 4326279 | c.1192_1194dupGTG | conservative_inframe_insertion | 0.95 | ethionamide |
ethA | 4326604 | c.869dupA | frameshift_variant | 1.0 | ethionamide, ethionamide |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
ccsA | 620351 | p.Arg154Leu | missense_variant | 0.11 |
rpoB | 762285 | p.Arg827Cys | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 765150 | p.Gly594Glu | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpsL | 781435 | c.-125G>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472106 | n.261G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472112 | n.267C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472113 | n.268T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472122 | n.277G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472127 | n.282C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
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rrs | 1472137 | n.292G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
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gid | 4407798 | c.405G>T | synonymous_variant | 1.0 |