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Run: SRR18913750
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Run ID: SRR18913750

Sample name:

Date: 03-04-2023 20:50:25

Number of reads: 2299756

Percentage reads mapped: 94.03

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 0.98 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5849 p.Leu204Met missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.98
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpL5 776735 c.1746C>A synonymous_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 0.99
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471735 n.-111T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472427 n.582T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472840 n.995A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472841 n.996_997insC non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472849 n.1004C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472850 n.1005T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472868 n.1023T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472874 n.1029C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473779 n.122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474483 n.826C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474674 n.1018delC non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474933 n.1276A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474934 n.1277C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476542 n.2885T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 0.99
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
rpoA 3878562 c.-55C>T upstream_gene_variant 0.18
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
embB 4248200 p.Ile563Leu missense_variant 1.0
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0