TB-Profiler result

Run: SRR305201
Summary

Run ID: SRR305201

Sample name:

Date: 04-04-2023 04:51:57

Number of reads: 5002551

Percentage reads mapped: 39.47

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Sensitive

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7493 c.192C>T synonymous_variant 0.15
rpoB 759831 p.Thr9Pro missense_variant 0.37
rpoC 766632 p.Val1088Gly missense_variant 0.18
fbiC 1303174 p.Leu82Val missense_variant 0.29
atpE 1461019 c.-26C>A upstream_gene_variant 0.19
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472122 n.277G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472591 n.746G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475363 n.1706C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475869 n.2212C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475877 n.2220C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475880 n.2223C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475881 n.2224T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475882 n.2225C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475897 n.2240T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
inhA 1674892 p.Asn231Asp missense_variant 0.2
tlyA 1918377 c.438T>G synonymous_variant 0.17
PPE35 2169866 c.747G>C synonymous_variant 0.4
eis 2714225 p.Ala370Pro missense_variant 0.15
eis 2714366 p.Val323Leu missense_variant 0.2
pepQ 2859381 c.1038C>G synonymous_variant 0.25
ribD 2987307 p.Ala157Pro missense_variant 0.17
Rv2752c 3064552 p.Arg547Pro missense_variant 0.31
Rv2752c 3064741 p.Gly484Ala missense_variant 0.23
thyA 3073806 c.666C>G synonymous_variant 0.17
clpC1 4039932 p.Gly258Val missense_variant 0.24
embC 4242822 p.Val987Gly missense_variant 0.59
ubiA 4269529 p.Ala102Gly missense_variant 0.32