Run ID: SRR5818684
Sample name:
Date: 04-04-2023 11:42:22
Number of reads: 2621396
Percentage reads mapped: 87.82
Strain: lineage4.2.2.2
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.2 | Euro-American | H;T;LAM | None | 1.0 |
lineage4.2.2 | Euro-American (Ural) | T;LAM7-TUR | None | 1.0 |
lineage4.2.2.2 | Euro-American (Ural) | T;LAM7-TUR | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 | streptomycin |
rrs | 1473247 | n.1402C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
rrs | 1473329 | n.1484G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 8688 | p.Ala463Ser | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
mshA | 576077 | c.730C>T | synonymous_variant | 1.0 |
rpoB | 761489 | c.1683G>A | synonymous_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472558 | n.713G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472569 | n.724G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472607 | n.762G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472655 | n.810G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472658 | n.813G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
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rrs | 1472713 | n.868T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
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rrs | 1473252 | n.1407T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1473259 | n.1414C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1473276 | n.1431A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
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rrl | 1474831 | n.1174A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1474883 | n.1226T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
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rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv2752c | 3066280 | c.-89C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
ald | 3086742 | c.-78A>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 0.99 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |