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Run: SRR6981941
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Run ID: SRR6981941

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:22:25

Number of reads: 1060736

Percentage reads mapped: 82.65

Strain: lineage4.3.4.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 1.0
lineage4.3.4.2 Euro-American (LAM) LAM1;LAM4;LAM11 RD174 1.0
lineage4.3.4.2.1 Euro-American (LAM) LAM11 RD174 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6140 p.Val301Leu missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472669 n.824_825insTAGA non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472678 n.833T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472682 n.839_843delGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472701 n.856T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472837 n.992_993insTCTG non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472860 n.1015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472861 n.1016G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472873 n.1028C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473080 n.1235C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473084 n.1239T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475672 n.2015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475687 n.2030C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475688 n.2031G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475707 n.2050T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475713 n.2056C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475777 n.2120A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476214 n.2557G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476596 n.2939C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476601 n.2944G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
folC 2746660 c.938delT frameshift_variant 0.13
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3611994 p.Gly375Ser missense_variant 0.12
Rv3236c 3612009 p.Ala370Thr missense_variant 1.0
alr 3840719 c.702A>G synonymous_variant 1.0
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4249756 c.3243C>A synonymous_variant 0.11
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0