TB-Profiler result

Run: SRR7131169
Summary

Run ID: SRR7131169

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:47:41

Number of reads: 2760097

Percentage reads mapped: 99.99

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
mshA 576453 p.Val369Gly missense_variant 0.25
mshA 576468 p.Val374Gly missense_variant 0.2
rpoB 760106 c.300G>A synonymous_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471845 n.-1G>A upstream_gene_variant 0.13
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1471911 n.66C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472210 n.365A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472333 n.488G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472349 n.504A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472374 n.529T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472380 n.535G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472390 n.545T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472391 n.546C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472412 n.567A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472415 n.570T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472715 n.870C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472887 n.1042G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472936 n.1091C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473008 n.1164delT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474228 n.571T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474262 n.605C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474275 n.618T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474276 n.619C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474277 n.620C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474516 n.859C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474530 n.873G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474539 n.882C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474573 n.916C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474576 n.919T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475574 n.1917C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475874 n.2217C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476126 n.2469C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476252 n.2595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476336 n.2679C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476455 n.2798C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476456 n.2799A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476463 n.2806C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476580 n.2923G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476592 n.2935G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154441 p.Lys557Asn missense_variant 1.0
PPE35 2170065 p.Ala183Gly missense_variant 0.15
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2290209 c.-968A>T upstream_gene_variant 0.12
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473998 c.-9G>A upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473998 c.-10_-9insA upstream_gene_variant 1.0
whiB7 3568431 c.249C>G synonymous_variant 0.43
rpoA 3878630 c.-124delC upstream_gene_variant 0.4
clpC1 4038249 p.Thr819Asn missense_variant 0.11
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embB 4246527 p.Ala5Gly missense_variant 0.13
embB 4247028 p.Leu172Arg missense_variant 0.29
aftB 4268016 p.Val274Ala missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0