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Run: ERR10796575
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Run ID: ERR10796575

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Date: 31-03-2023 11:11:49

Number of reads: 208280

Percentage reads mapped: 99.99

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: RR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.93
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 0.6 rifampicin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17 streptomycin
ethA 4327480 c.-7T>C upstream_gene_variant 0.33 ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 490833 c.51G>A synonymous_variant 0.5
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 0.4
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 800713 c.-96T>C upstream_gene_variant 0.5
Rv1258c 1406536 p.Gly269Ser missense_variant 0.67
embR 1416790 c.558G>T synonymous_variant 0.33
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472083 n.238G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472128 n.283G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472160 n.315C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472161 n.316T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472180 n.335A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472181 n.336G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472223 n.378C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472228 n.383G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472715 n.870C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472813 n.968A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473047 n.1202C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473291 n.1446G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473303 n.1458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475754 n.2097G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475760 n.2103C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475791 n.2134A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
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rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
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rrl 1476356 n.2699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476359 n.2702C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476381 n.2724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476383 n.2726T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476384 n.2727G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476411 n.2754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476428 n.2771C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476463 n.2806C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476542 n.2885T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rpsA 1833786 p.Val82Ala missense_variant 0.5
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168433 p.Gly727Glu missense_variant 0.4
Rv1979c 2222854 p.Ile104Thr missense_variant 1.0
Rv2752c 3065054 p.Glu380* stop_gained 0.67
thyX 3067798 p.Pro50Ser missense_variant 0.5
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
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