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Run: ERR2515148
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Run ID: ERR2515148

Sample name:

Date: 31-03-2023 20:46:56

Number of reads: 1388128

Percentage reads mapped: 85.45

Strain: lineage4.3.3

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.3 Euro-American (LAM) LAM;T RD115 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8040 p.Gly247Ser missense_variant 0.98
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 778227 p.Gly85Ala missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304847 c.1917C>T synonymous_variant 0.29
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472669 n.824_825insTAGA non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472678 n.833T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472682 n.839_843delGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472701 n.856T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472837 n.992_993insTCTG non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472860 n.1015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472861 n.1016G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472873 n.1028C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473080 n.1235C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473084 n.1239T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473123 n.1278A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473127 n.1282G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476056 n.2399G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223051 p.Glu38Asp missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518919 p.Gly269Ser missense_variant 1.0
Rv2752c 3065431 p.Ala254Val missense_variant 1.0
Rv2752c 3065824 p.Pro123Leu missense_variant 1.0
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
aftB 4267922 c.915G>C synonymous_variant 0.1
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0