Run ID: ERR2515484
Sample name:
Date: 31-03-2023 20:57:47
Number of reads: 308903
Percentage reads mapped: 68.59
Strain: lineage4.8
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.8 | Euro-American (mainly T) | T1;T2;T3;T5 | RD219 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
pncA | 2289225 | c.16delA | frameshift_variant | 0.12 | pyrazinamide |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 763415 | p.Thr16Ala | missense_variant | 0.13 |
rpoC | 763619 | p.Arg84Cys | missense_variant | 0.18 |
rpoC | 764163 | p.Ile265Asn | missense_variant | 0.18 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 776693 | c.1788C>A | synonymous_variant | 0.11 |
mmpL5 | 777803 | c.678C>T | synonymous_variant | 0.2 |
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Rv1258c | 1406946 | p.Ala132Gly | missense_variant | 0.22 |
Rv1258c | 1406948 | c.391_392delGC | frameshift_variant | 0.25 |
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rrl | 1476372 | n.2715T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
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tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
ndh | 2103003 | p.Arg14Trp | missense_variant | 0.17 |
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PPE35 | 2168011 | p.Ser868Gly | missense_variant | 0.2 |
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Rv3083 | 3448507 | c.5_*1408del | frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant | 1.0 |