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Run: ERR2515484
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Run ID: ERR2515484

Sample name:

Date: 31-03-2023 20:57:47

Number of reads: 308903

Percentage reads mapped: 68.59

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
pncA 2289225 c.16delA frameshift_variant 0.12 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
rpoC 763415 p.Thr16Ala missense_variant 0.13
rpoC 763619 p.Arg84Cys missense_variant 0.18
rpoC 764163 p.Ile265Asn missense_variant 0.18
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776693 c.1788C>A synonymous_variant 0.11
mmpL5 777803 c.678C>T synonymous_variant 0.2
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406943 c.397_398insGC frameshift_variant 0.25
Rv1258c 1406946 p.Ala132Gly missense_variant 0.22
Rv1258c 1406948 c.391_392delGC frameshift_variant 0.25
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472669 n.824_825insTAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472837 n.992_993insTCTG non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472861 n.1016G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472873 n.1028C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472973 n.1129_1130delAT non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473084 n.1239T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473105 n.1260G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473111 n.1266A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473123 n.1278A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473127 n.1282G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1473508 n.-150A>C upstream_gene_variant 0.1
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474248 n.591A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rpsA 1834940 p.Asp467His missense_variant 0.22
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2103003 p.Arg14Trp missense_variant 0.17
katG 2154069 p.Lys681Asn missense_variant 0.14
PPE35 2168011 p.Ser868Gly missense_variant 0.2
PPE35 2168149 p.Pro822Ser missense_variant 1.0
PPE35 2169149 c.1464G>C synonymous_variant 1.0
PPE35 2169641 c.972G>T synonymous_variant 0.13
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518377 p.Lys88Met missense_variant 0.12
eis 2715536 c.-204C>A upstream_gene_variant 0.25
ahpC 2726300 c.108C>A synonymous_variant 0.12
pepQ 2860228 p.Ala64Val missense_variant 0.13
ribD 2987012 c.174C>T synonymous_variant 0.14
fbiD 3339067 c.-51G>C upstream_gene_variant 0.2
ddn 3986846 c.3G>T start_lost 0.14
clpC1 4039729 p.Asp326Asn missense_variant 1.0
panD 4044469 c.-188G>C upstream_gene_variant 0.18
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4244295 p.Ala355Thr missense_variant 0.33
embA 4245628 p.Pro799Leu missense_variant 0.11
embA 4246165 p.Leu978Ser missense_variant 0.14
embB 4249673 p.Ser1054Thr missense_variant 0.25
aftB 4267367 p.Asn490Lys missense_variant 0.13
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408464 c.-262G>A upstream_gene_variant 0.12
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0