TB-Profiler result

Run: ERR3148546
Summary

Run ID: ERR3148546

Sample name:

Date: 01-04-2023 00:43:23

Number of reads: 2654086

Percentage reads mapped: 86.24

Strain: lineage4.3.2

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.2 Euro-American (LAM) LAM3 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 575350 c.3G>A start_lost 1.0
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472337 n.492C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472380 n.535G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472406 n.561G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472673 n.828T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472859 n.1014G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472860 n.1015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472861 n.1016G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472869 n.1024G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472870 n.1025T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472873 n.1028C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473008 n.1164delT non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473107 n.1262G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473316 n.1471C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474034 n.377G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474145 n.488T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475149 n.1492G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475370 n.1713G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475874 n.2217C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475989 n.2332T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476126 n.2469C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476214 n.2557G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4248152 p.Ala547Thr missense_variant 0.19
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0