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Run: ERR4769453
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Run ID: ERR4769453

Sample name:

Date: 01-04-2023 06:41:06

Number of reads: 1512778

Percentage reads mapped: 44.17

Strain: La1.3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
La1 M.bovis None None 1.0
La1.3 M.bovis None None 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
pncA 2289073 p.His57Asp missense_variant 1.0 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5752 c.513G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 6406 c.-896C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8285 c.984C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763660 c.291T>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764419 c.1050C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764446 c.1077T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764449 c.1080G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764458 c.1089G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764461 c.1092A>G synonymous_variant 0.13
rpoC 764470 c.1101C>G synonymous_variant 0.13
rpoC 764491 c.1122G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764527 c.1158C>G synonymous_variant 0.15
rpoC 764539 c.1170C>G synonymous_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781802 c.243G>C synonymous_variant 0.11
rpsL 781805 c.246G>T synonymous_variant 0.12
rpsL 781811 c.252C>T synonymous_variant 0.13
rpsL 781817 c.258G>T synonymous_variant 0.13
rpsL 781832 c.273T>G synonymous_variant 0.13
rpsL 781838 c.279G>T synonymous_variant 0.14
rpsL 781859 c.300T>C synonymous_variant 0.12
rpsL 781862 c.303G>C synonymous_variant 0.12
rpsL 781865 c.306G>C synonymous_variant 0.11
rpsL 781868 c.309T>C synonymous_variant 0.11
rpsL 781877 c.318T>C synonymous_variant 0.11
fbiC 1302899 c.-32A>G upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
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rrs 1471998 n.153G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472005 n.160T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472023 n.178G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
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rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
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rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
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rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
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rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
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rrl 1476728 n.3071T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rpsA 1834298 p.Gln253Glu missense_variant 0.1
rpsA 1834303 c.762T>C synonymous_variant 0.11
rpsA 1834307 p.Asp256Gln missense_variant 0.11
rpsA 1834318 c.777C>G synonymous_variant 0.11
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tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2103173 c.-132delG upstream_gene_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
katG 2155503 c.609C>T synonymous_variant 1.0
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PPE35 2168814 c.1798dupA frameshift_variant 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
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ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
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embB 4246551 p.Asn13Ser missense_variant 1.0
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embB 4249640 c.3127T>C synonymous_variant 1.0
aftB 4267858 p.Ile327Val missense_variant 1.0
aftB 4269351 c.-515C>T upstream_gene_variant 1.0
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 1.0
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0