TB-Profiler result

Run: ERR4816510
Summary

Run ID: ERR4816510

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:28:12

Number of reads: 2500131

Percentage reads mapped: 87.54

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764536 c.1167G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764543 p.Thr392Ala missense_variant 0.1
rpoC 764548 c.1179G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764573 p.Leu402Ile missense_variant 0.12
rpoC 764578 c.1209C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764632 c.1263T>A synonymous_variant 0.12
rpoC 764647 c.1278C>T synonymous_variant 0.11
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472840 n.995A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473122 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474163 n.506C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476164 n.2507A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476194 n.2537A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476573 n.2916A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476580 n.2923G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476590 n.2933T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476594 n.2937C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476600 n.2943A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476603 n.2946G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476608 n.2951C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476609 n.2952G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476614 n.2957A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476616 n.2959A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476628 n.2971T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476629 n.2972C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476633 n.2976A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 0.98
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
whiB6 4338272 c.249dupA frameshift_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0