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Run: ERR502942
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Run ID: ERR502942

Sample name:

Date: 01-04-2023 21:59:49

Number of reads: 21162

Percentage reads mapped: 0.65

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
rpoC 762962 c.-408C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762983 c.-387C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762989 c.-381G>T upstream_gene_variant 1.0
rpoB 763005 p.Cys1067Val missense_variant 1.0
rpoC 763013 c.-357C>A upstream_gene_variant 1.0
rpoB 763014 p.Met1070Leu missense_variant 1.0
rpoB 763017 p.Gln1071Glu missense_variant 1.0
rpoC 763025 c.-345C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763028 c.-342T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472128 n.283G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472129 n.284G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472135 n.290C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472138 n.293C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472147 n.302G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472153 n.308G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472164 n.319G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472251 n.406G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472333 n.488G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472349 n.504A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472374 n.529T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472390 n.545T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472391 n.546C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472412 n.567A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472415 n.570T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472694 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472714 n.869A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472715 n.870C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472716 n.871C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472754 n.909G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472827 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472887 n.1042G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472936 n.1091C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472963 n.1118G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473053 n.1208T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473097 n.1252G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473139 n.1294T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473191 n.1346C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473193 n.1348G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473198 n.1354delC non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473204 n.1359C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473206 n.1361G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475517 n.1860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1475526 n.1869C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475538 n.1881T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475540 n.1883C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475550 n.1893A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475551 n.1894T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1475555 n.1898T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475564 n.1907C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475574 n.1917C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475576 n.1919C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475791 n.2134A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476336 n.2679C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476356 n.2699C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476383 n.2726T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476384 n.2727G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476411 n.2754G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476442 n.2785T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476443 n.2786G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476455 n.2798C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476456 n.2799A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476463 n.2806C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476566 n.2909A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476585 n.2928A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476588 n.2931A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476595 n.2938C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476602 n.2945G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476608 n.2951C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476611 n.2954T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476621 n.2964C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476629 n.2972C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476631 n.2974G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
fbiB 3640879 c.-656C>T upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4040048 c.657C>T synonymous_variant 1.0