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Run: SRR11342683
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Run ID: SRR11342683

Sample name:

Date: 02-04-2023 20:47:57

Number of reads: 6457534

Percentage reads mapped: 92.67

Strain: lineage4.1.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1417140 p.Ala70Ser missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472474 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472484 n.639A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472486 n.641A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472498 n.653C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472668 n.825_829delGGGTT non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472675 n.830_831insAGAC non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472861 n.1016G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472873 n.1028C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472989 n.1144G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473120 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473274 n.1429C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473280 n.1435G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473281 n.1436C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473282 n.1437C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473291 n.1446G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473296 n.1451G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473297 n.1452G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473303 n.1458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474294 n.637C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474722 n.1065T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475075 n.1418A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475515 n.1858G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475777 n.2120A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475783 n.2126T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476214 n.2557G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
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rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476528 n.2871A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476572 n.2915G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
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