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Run: SRR1173717
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Run ID: SRR1173717

Sample name:

Date: 03-04-2023 03:30:22

Number of reads: 1420557

Percentage reads mapped: 60.63

Strain: lineage4.6.1

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.6 Euro-American T;LAM None 0.99
lineage4.6.1 Euro-American (Uganda) T2 RD724 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 0.96 rifampicin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2289252 c.-11A>G upstream_gene_variant 0.5 pyrazinamide
embB 4247431 p.Met306Ile missense_variant 1.0 ethambutol
gid 4407851 c.351delG frameshift_variant 1.0 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5784 p.Thr182Ile missense_variant 0.12
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7539 p.Thr80Ala missense_variant 0.88
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7709 c.408G>A synonymous_variant 0.97
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 575588 p.Arg81Ser missense_variant 0.15
mshA 576485 p.Ala380Ser missense_variant 0.15
rpoB 760973 c.1167G>T synonymous_variant 0.12
rpoB 761426 c.1620G>T synonymous_variant 0.14
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 0.11
rpoC 762959 c.-411G>T upstream_gene_variant 0.13
rpoC 766488 p.Pro1040Arg missense_variant 0.95
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777538 c.943C>T synonymous_variant 0.12
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 800971 c.165_166delCG frameshift_variant 0.14
fbiC 1303120 c.190C>A synonymous_variant 0.17
fbiC 1303633 p.Asp235Asn missense_variant 0.13
fbiC 1305395 p.Ser822Phe missense_variant 0.17
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472122 n.277G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472223 n.378C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472228 n.383G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472427 n.582T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473084 n.1239T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474582 n.925T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474797 n.1140_1141insTATA non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474800 n.1144_1147delGTGC non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474928 n.1271C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2155390 p.Pro241Arg missense_variant 0.11
katG 2156442 c.-331G>A upstream_gene_variant 0.12
katG 2156449 c.-338G>T upstream_gene_variant 0.12
PPE35 2170123 p.Ala164Ser missense_variant 0.12
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2288839 p.Thr135Ala missense_variant 0.11
pncA 2290153 c.-912C>T upstream_gene_variant 0.12
thyX 3067276 p.Pro224Ser missense_variant 0.13
ald 3087033 p.Leu72Ile missense_variant 0.12
fbiD 3338963 c.-155C>A upstream_gene_variant 0.17
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474079 p.Ala25Pro missense_variant 0.12
fprA 3474093 c.87C>A synonymous_variant 0.14
fprA 3474177 c.171C>T synonymous_variant 1.0
fprA 3474605 p.Arg200Leu missense_variant 0.17
fprA 3475101 c.1095C>A synonymous_variant 0.13
alr 3841091 c.330G>T synonymous_variant 0.13
embC 4240701 p.Val280Gly missense_variant 0.12
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4244262 p.Leu344Met missense_variant 0.17
embA 4244901 p.Ala557Ser missense_variant 0.12
embB 4245962 c.-552G>A upstream_gene_variant 1.0
embB 4246759 c.246C>T synonymous_variant 0.14
aftB 4268519 c.318C>T synonymous_variant 1.0
aftB 4268809 p.Val10Leu missense_variant 0.12
ubiA 4269670 p.Val55Gly missense_variant 1.0
ethA 4327544 c.-71G>A upstream_gene_variant 0.13
ethA 4328329 c.-856C>G upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407742 p.Arg154Gln missense_variant 0.97