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Run: SRR19241806
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Run ID: SRR19241806

Sample name:

Date: 03-04-2023 21:03:19

Number of reads: 4454534

Percentage reads mapped: 88.32

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 0.99
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475767 n.2110G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476534 n.2878_2879delGG non_coding_transcript_exon_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 0.99
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474774 c.768G>T synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0