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Run: SRR6046534
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Run ID: SRR6046534

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:18:36

Number of reads: 650423

Percentage reads mapped: 30.72

Strain: lineage1.1.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.1 Indo-Oceanic EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.2 Indo-Oceanic EAI3;EAI5 RD239 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5083 c.-157C>T upstream_gene_variant 0.11
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrB 6124 c.885C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
ccsA 619831 c.-60T>G upstream_gene_variant 0.2
rpoB 762105 p.Ile767Val missense_variant 0.11
rpoB 762736 p.Ala977Asp missense_variant 0.18
rpoC 762854 c.-516G>C upstream_gene_variant 0.11
rpoB 762855 p.Val1017Ile missense_variant 0.11
rpoB 762858 p.Thr1018Ser missense_variant 0.11
rpoC 762863 c.-507T>G upstream_gene_variant 0.11
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 765171 p.Pro601Leu missense_variant 1.0
rpoC 765412 c.2045dupC frameshift_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 777416 c.1064dupC frameshift_variant 0.18
mmpL5 778447 p.Ser12Pro missense_variant 0.17
mmpR5 779248 p.Gly87Arg missense_variant 1.0
mmpS5 779644 c.-739G>A upstream_gene_variant 0.15
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 0.95
Rv1258c 1406503 p.Val280Leu missense_variant 1.0
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472380 n.535G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472427 n.582T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472436 n.591G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472437 n.592T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472449 n.604C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472450 n.605A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472451 n.606C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472462 n.617T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472473 n.628G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472474 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472486 n.641A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472564 n.719A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472805 n.960C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472806 n.961A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472935 n.1090G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472959 n.1114_1115insTA non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472967 n.1122G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473017 n.1172A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473053 n.1208T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473284 n.1439A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1473406 n.-252A>G upstream_gene_variant 0.29
rrl 1474069 n.412G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474282 n.625G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474288 n.631C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474293 n.637_650delCCTCTCCGGAGGAG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474326 n.669T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474381 n.724T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474717 n.1060A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474721 n.1064G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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