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Run: SRR6982371

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Run ID: SRR6982371

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:35:27

Number of reads: 317894

Percentage reads mapped: 73.74

Strain: lineage4.1.1

Drug-resistance: Sensitive


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406228 c.1113C>T synonymous_variant 0.18
Rv1258c 1406696 c.645G>A synonymous_variant 0.14
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rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
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rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
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rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
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rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
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