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Run: SRR7646014
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Run ID: SRR7646014

Sample name:

Date: 04-04-2023 20:03:34

Number of reads: 4646326

Percentage reads mapped: 91.79

Strain: lineage4.2.1

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.2 Euro-American H;T;LAM None 1.0
lineage4.2.1 Euro-American (TUR) H3;H4 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rpsL 781822 p.Lys88Arg missense_variant 1.0 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14 streptomycin
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
eis 2715344 c.-12C>T upstream_gene_variant 1.0 kanamycin
embA 4243217 c.-16C>G upstream_gene_variant 1.0 ethambutol
embB 4247402 p.Ser297Ala missense_variant 1.0 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491247 c.465C>T synonymous_variant 1.0
ccsA 619969 p.Val27Ile missense_variant 1.0
rpoC 764817 p.Val483Gly missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472223 n.378C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472228 n.383G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472262 n.417C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472726 n.881G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472778 n.933C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473147 n.1302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476420 n.2763G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476433 n.2776C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2169879 p.Phe245Cys missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086742 c.-78A>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4249594 c.3081G>A synonymous_variant 1.0
ethA 4326632 p.His281Pro missense_variant 1.0
ethA 4328376 c.-903G>C upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0