Run ID: SRR7646014
Sample name:
Date: 04-04-2023 20:03:34
Number of reads: 4646326
Percentage reads mapped: 91.79
Strain: lineage4.2.1
Drug-resistance: MDR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.2 | Euro-American | H;T;LAM | None | 1.0 |
lineage4.2.1 | Euro-American (TUR) | H3;H4 | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rpoB | 761155 | p.Ser450Leu | missense_variant | 1.0 | rifampicin |
rpsL | 781822 | p.Lys88Arg | missense_variant | 1.0 | streptomycin |
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 | streptomycin |
fabG1 | 1673425 | c.-15C>T | upstream_gene_variant | 1.0 | isoniazid, ethionamide |
katG | 2155168 | p.Ser315Thr | missense_variant | 1.0 | isoniazid |
eis | 2715344 | c.-12C>T | upstream_gene_variant | 1.0 | kanamycin |
embA | 4243217 | c.-16C>G | upstream_gene_variant | 1.0 | ethambutol |
embB | 4247402 | p.Ser297Ala | missense_variant | 1.0 | ethambutol |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491247 | c.465C>T | synonymous_variant | 1.0 |
ccsA | 619969 | p.Val27Ile | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 764817 | p.Val483Gly | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472106 | n.261G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472112 | n.267C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472113 | n.268T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472127 | n.282C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1472129 | n.284G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472137 | n.292G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1472151 | n.306C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472160 | n.315C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 |
rrs | 1472215 | n.370A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1472223 | n.378C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472225 | n.380C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472228 | n.383G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472234 | n.389T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472240 | n.395G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472251 | n.406G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472253 | n.408G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472262 | n.417C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472558 | n.713G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472716 | n.871C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472726 | n.881G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472734 | n.889C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472741 | n.896G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472778 | n.933C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472779 | n.934G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472793 | n.948A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472803 | n.958T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472952 | n.1107T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472973 | n.1128A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472987 | n.1142G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
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rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
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rrs | 1473100 | n.1255G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
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rrs | 1473104 | n.1259C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
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rrs | 1473111 | n.1266A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1473115 | n.1270G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1473122 | n.1277T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1473145 | n.1300C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1473147 | n.1302G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1474488 | n.831G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1474498 | n.841G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1474505 | n.848C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1474516 | n.859C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1474529 | n.872A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1474530 | n.873G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1474537 | n.880G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1474539 | n.882C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1474540 | n.883T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1474783 | n.1126G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1474794 | n.1137C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1474823 | n.1166C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1474827 | n.1170C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1474830 | n.1173A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1474831 | n.1174A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1474864 | n.1207C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1475753 | n.2096C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1475916 | n.2259C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1476332 | n.2675G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1476337 | n.2680C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1476358 | n.2701T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1476372 | n.2715T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1476382 | n.2725A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1476383 | n.2726T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1476420 | n.2763G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrl | 1476425 | n.2768G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1476429 | n.2772A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrl | 1476433 | n.2776C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
PPE35 | 2169879 | p.Phe245Cys | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
ald | 3086742 | c.-78A>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embB | 4249594 | c.3081G>A | synonymous_variant | 1.0 |
ethA | 4326632 | p.His281Pro | missense_variant | 1.0 |
ethA | 4328376 | c.-903G>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |