Run ID: ERR1035312
Sample name:
Date: 31-03-2023 10:10:40
Number of reads: 5848725
Percentage reads mapped: 98.7
Strain: lineage4.3.3
Drug-resistance: Pre-XDR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.3 | Euro-American (LAM) | mainly-LAM | None | 1.0 |
lineage4.3.3 | Euro-American (LAM) | LAM;T | RD115 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
gyrA | 7570 | p.Ala90Val | missense_variant | 1.0 | ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin |
rpoB | 761155 | p.Ser450Trp | missense_variant | 1.0 | rifampicin |
pncA | 2289040 | p.Trp68Arg | missense_variant | 1.0 | pyrazinamide |
ald | 3087252 | c.436_437dupGC | frameshift_variant | 0.96 | cycloserine |
embA | 4243221 | c.-12C>T | upstream_gene_variant | 1.0 | ethambutol |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 8040 | p.Gly247Ser | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
mshA | 575658 | p.Ala104Val | missense_variant | 0.14 |
mshA | 576526 | c.1179C>T | synonymous_variant | 0.12 |
rpoC | 764582 | c.1213C>T | synonymous_variant | 1.0 |
rpoC | 764995 | c.1626C>G | synonymous_variant | 1.0 |
rpoC | 765804 | p.Thr812Ile | missense_variant | 0.33 |
rpoC | 765908 | c.2539C>T | synonymous_variant | 0.1 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471969 | n.124T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrs | 1472053 | n.211_212delGC | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472061 | n.216A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472075 | n.230A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472106 | n.261G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1473752 | n.95G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.46 |
rrl | 1473806 | n.149C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrl | 1473815 | n.158T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrl | 1473836 | n.179A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.61 |
rrl | 1473876 | n.219G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 |
rrl | 1473877 | n.220G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 |
rrl | 1473898 | n.241C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrl | 1473923 | n.266C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrl | 1473924 | n.267_268insT | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrl | 1473943 | n.286G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
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rrl | 1473995 | n.338G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrl | 1474001 | n.344C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrl | 1474028 | n.371T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 |
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rrl | 1475297 | n.1640C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrl | 1475315 | n.1658A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1475333 | n.1676T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
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rrl | 1475402 | n.1745C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1475419 | n.1762C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1475429 | n.1772G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1475446 | n.1789G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1475723 | n.2066C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1476089 | n.2432T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1476095 | n.2438C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1476115 | n.2458T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476117 | n.2460G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476214 | n.2557G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrl | 1476224 | n.2567A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
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rrl | 1476299 | n.2642C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1476583 | n.2926G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1476597 | n.2940G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
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rrl | 1476629 | n.2972C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 |
rrl | 1476716 | n.3059A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476726 | n.3069A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
inhA | 1674952 | p.Pro251Ala | missense_variant | 0.22 |
rpsA | 1833678 | p.Val46Ala | missense_variant | 1.0 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
PPE35 | 2169320 | p.Leu431Phe | missense_variant | 0.23 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 0.97 |
kasA | 2518919 | p.Gly269Ser | missense_variant | 1.0 |
Rv2752c | 3066014 | c.177dupG | frameshift_variant | 1.0 |
thyA | 3073868 | p.Thr202Ala | missense_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 0.97 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
fbiB | 3642230 | c.696G>A | synonymous_variant | 0.12 |
fbiB | 3642822 | p.Asp430Asn | missense_variant | 0.11 |
clpC1 | 4038287 | c.2418C>T | synonymous_variant | 1.0 |
clpC1 | 4038417 | p.Gly763Asp | missense_variant | 0.12 |
embC | 4242182 | p.Ala774Ser | missense_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4242715 | c.-518T>C | upstream_gene_variant | 0.14 |
embA | 4244234 | c.1002C>T | synonymous_variant | 0.12 |
embA | 4245187 | p.Thr652Lys | missense_variant | 1.0 |
ubiA | 4268987 | p.Val283Leu | missense_variant | 1.0 |
aftB | 4269645 | c.-809C>T | upstream_gene_variant | 0.12 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4408105 | p.Arg33Pro | missense_variant | 1.0 |
gid | 4408156 | p.Leu16Arg | missense_variant | 1.0 |