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Run: ERR10762317
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Run ID: ERR10762317

Sample name:

Date: 31-03-2023 11:03:32

Number of reads: 3902428

Percentage reads mapped: 85.1

Strain: lineage4.2.1

Drug-resistance: Pre-XDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.2 Euro-American H;T;LAM None 1.0
lineage4.2.1 Euro-American (TUR) H3;H4 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrB 6750 p.Ala504Val missense_variant 0.99 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rpsL 781822 p.Lys88Arg missense_variant 1.0 streptomycin
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
eis 2715344 c.-12C>T upstream_gene_variant 1.0 kanamycin
embB 4247402 p.Ser297Ala missense_variant 1.0 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491247 c.465C>T synonymous_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.23
ccsA 619969 p.Val27Ile missense_variant 1.0
rpoC 764817 p.Val483Gly missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473093 n.1248C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473120 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473124 n.1279A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474869 n.1212G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476251 n.2594T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476252 n.2595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476595 n.2938C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2169879 p.Phe245Cys missense_variant 1.0
PPE35 2170065 p.Ala183Gly missense_variant 0.19
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pepQ 2860159 p.Ala87Gly missense_variant 0.21
ald 3086742 c.-78A>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiD 3339734 p.Ala206Gly missense_variant 0.55
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
rpoA 3878641 c.-134C>G upstream_gene_variant 0.65
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4246584 p.Arg24Pro missense_variant 0.21
embB 4249594 c.3081G>A synonymous_variant 1.0
ethA 4326632 p.His281Pro missense_variant 0.99
ethA 4328376 c.-903G>C upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338647 c.-126C>G upstream_gene_variant 1.0