Run ID: ERR10762317
Sample name:
Date: 31-03-2023 11:03:32
Number of reads: 3902428
Percentage reads mapped: 85.1
Strain: lineage4.2.1
Drug-resistance: Pre-XDR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.2 | Euro-American | H;T;LAM | None | 1.0 |
lineage4.2.1 | Euro-American (TUR) | H3;H4 | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
gyrB | 6750 | p.Ala504Val | missense_variant | 0.99 | ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin |
rpoB | 761155 | p.Ser450Leu | missense_variant | 1.0 | rifampicin |
rpsL | 781822 | p.Lys88Arg | missense_variant | 1.0 | streptomycin |
fabG1 | 1673425 | c.-15C>T | upstream_gene_variant | 1.0 | isoniazid, ethionamide |
katG | 2155168 | p.Ser315Thr | missense_variant | 1.0 | isoniazid |
eis | 2715344 | c.-12C>T | upstream_gene_variant | 1.0 | kanamycin |
embB | 4247402 | p.Ser297Ala | missense_variant | 1.0 | ethambutol |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491247 | c.465C>T | synonymous_variant | 1.0 |
mshA | 576108 | p.Ala254Gly | missense_variant | 0.23 |
ccsA | 619969 | p.Val27Ile | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 764817 | p.Val483Gly | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1473089 | n.1244A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
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rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 |
rrl | 1476512 | n.2855C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrl | 1476514 | n.2857C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrl | 1476519 | n.2862C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrl | 1476524 | n.2867C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
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rrl | 1476530 | n.2873C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrl | 1476536 | n.2879G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
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rrl | 1476547 | n.2890C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrl | 1476567 | n.2910C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1476573 | n.2916A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1476577 | n.2920T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrl | 1476584 | n.2927C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1476595 | n.2938C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
PPE35 | 2169879 | p.Phe245Cys | missense_variant | 1.0 |
PPE35 | 2170065 | p.Ala183Gly | missense_variant | 0.19 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
pepQ | 2860159 | p.Ala87Gly | missense_variant | 0.21 |
ald | 3086742 | c.-78A>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fbiD | 3339734 | p.Ala206Gly | missense_variant | 0.55 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoA | 3878641 | c.-134C>G | upstream_gene_variant | 0.65 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embB | 4246584 | p.Arg24Pro | missense_variant | 0.21 |
embB | 4249594 | c.3081G>A | synonymous_variant | 1.0 |
ethA | 4326632 | p.His281Pro | missense_variant | 0.99 |
ethA | 4328376 | c.-903G>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338647 | c.-126C>G | upstream_gene_variant | 1.0 |