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Run: ERR10796574
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Run ID: ERR10796574

Sample name:

Date: 31-03-2023 11:11:47

Number of reads: 70424

Percentage reads mapped: 99.96

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.97
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
rpoB 760309 p.Val168Glu missense_variant 0.5
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1416410 p.Leu313Arg missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471852 n.7T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1471858 n.13A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1471866 n.21C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472141 n.296G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472279 n.434T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472954 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473201 n.1356A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473215 n.1370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473264 n.1419A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473284 n.1439A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474732 n.1075A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474783 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474784 n.1127C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474832 n.1175A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474862 n.1205C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475688 n.2031G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475692 n.2035G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475696 n.2039T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475703 n.2046A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1475706 n.2049A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475713 n.2056C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475772 n.2115A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1475897 n.2240T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1475900 n.2243A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475938 n.2281C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476542 n.2885T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476544 n.2887T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476547 n.2890C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
PPE35 2169423 p.Ser397Leu missense_variant 0.67
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518298 p.Gly62Ser missense_variant 0.67
ald 3087468 p.Thr217Ser missense_variant 1.0
panD 4044251 p.His11Asn missense_variant 0.25
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0